Linux中autoduck批量对接,求助：关于autodock模拟分子对接

飞小天

autodock是目前最流行的分子对接软件之一，因为开源免费，所以被学术界大量使用，并且出现了在autodock开源代码基础上改进的文章，比如改进打分函数，改进搜索算法(模拟退火，遗传算法)等。

“判断两种物质是否有结合位点以及结合能力强弱”，这个一般通过一些物理化学性质来判断，例如autodock使用的打分函数包涵范德华力，静电，氢键，溶剂化作用等等，而另外一些软件，例如GOLD，打分函数只包含范德华力和氢键。一般分析的时候，考虑分子与蛋白质之间的作用力主要是范德华力，氢键，另外如果有其他一些分子间作用力如ππ堆积等。

根据tutorial做即可，我说下前面处理的流程：

小分子三维结构，先通过chemdraw软件画出分子结构，然后存储为任意格式，然后通过 openbabel http://openbabel.org/wiki/Main_Page 将这个格式转为smile格式(一个字符串)，将这个smile格式复制到corina网页上https://www.mn-am.com/online_demos/corina_demo ， corina会将这个smile格式转化为三位结构，保存下来。

然后从pdb数据库下载pdb文件，https://www.wwpdb.org/ ，保存下来，用reduce软件给pdb文件加上氢原子。使用文档编辑器去除 pdb文件中HETATM部分(水分子是否去除根据具体需求来定)。

有了小分子和大分子3d结构并且知道活性中心通过autodock的指南一步步做即可，另外电脑不是linux的话需要安装虚拟机。