ambertools19在macOS Mojave (10.14)上的安装以及acpype报错解决

macOS Mojave(10.14)在安装Ambertools19的过程中走了很多弯路，比如gcc版本的解决等等；在acpype使用中主要是parmchk报错、tleap报错。因此记录下过程，与大家交流分享。（本人纯化学背景，无编程经验）

问题0. 无apple developer账号的情况下无法下载xcode 10.3

解决方案：目前商店中提供的xcode适用于10.15以上的系统，而macos 10.14和10.15区别较大 我并无升级至10.15的打算，故需要自行下载安装xcode 10.3。在无apple developer账号的情况下，找了到此篇博文，https://blog.csdn.net/fukai7722/article/details/98848115。

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问题1. macOS安装brew时下载地址无法连接

解决方案：感谢此篇博文的方案，https://blog.csdn.net/xx5533/article/details/105832153，照做即可，不再赘述。

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问题2. Ambertools19安装之configure

解决方案：./configure -macAccelerate gnu一直报错，没有找到合适的方法，耗费精力，无奈。

故使用sudo ./configure -macAccelerate clang

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问题3. make install过程中报错如下:

[ARPACK] FC dnaitr.f 
dnaitr.f:658:35: 

 376 | call dvout (logfil, 1, rnorm, ndigit, 
      | 2 
...... 
  658 | call dvout (logfil, 2, xtemp, ndigit, 
      | 1 

Error: Rank mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (scalar and rank-1) 
make[2]: *** [dnaitr.o] Error 1 
make[1]: *** [utils] Error 2 
make: *** [install] Error 2 

解决方案：找到了解决办法http://archive.ambermd.org/202007/0110.html，并进行了小调整，成功解决。

$ brew unlink gcc  #brew默认安装的gcc其实为gcc10，版本太高，ambertools部分代码无法用高于gcc7的版本进行编译

$brew search gcc 

$brew install gcc@7

$brew link gcc@7

$ln -s /usr/local/bin/gfortran-7 /usr/local/bin/gfortran 

完成之后再运行make install或者sudo make install，成功。

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问题4. make install解决gcc版本问题之后，又出现以下报错：

Fatal Error: Cannot read module file 'netcdf.mod' opened at (1), because it was created by a different version of GNU Fortran 

解决方案：找了不少方法但都没有成功，直到发现这篇博文，感谢https://www.cnblogs.com/yanzhi123/p/3567458.html，虽然报错有出入而且我的是串行，但也能解决问题。注意将$AMBERHOME/include中netcdf.*文件全删掉即可，不用删掉netcd_*.*文件。从此make install和make test可通过。

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问题5. ambertools安装完成后，运行acpype，antechamber ok，但parmchk failed。

解决方案：查看$AMBERHOME/bin，发现此版ambertools中的命名为parmchk2，而acpype中报错显示parmchk，因此直接编辑acpype.py, 将所有parmchk改为parmchk2，再次运行，显示parmchk2 ok。

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问题6. parmchk2 ok之后，tleap failed：Fatal Error!Could not open file leaprc.ff12SB: not found。

解决方案：查看目录$AMBERHOME/dat/leap/cmd，发现leaprc.ff12SB不存在。同时，$AMBERHOME/dat/leap/cmd/oldff中有很多力场文件，个人选择（仅个人选择）将$AMBERHOME/dat/leap/cmd/oldff下的leaprc.ff99SB拷贝至$AMBERHOME/dat/leap/cmd，同时编辑acpype.py，将leaprc.ff12SB改为leaprc.ff99SB。再次运行，tleap ok，acpype跑通。