撰文时间2018年6月11日
最近在做一个李继存老师写的示例
使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件
里面需要用到Ambertool,Gaussian,ACPYPE,第一个Ambertool为开源软件,有详细的安装说明。第二个是Gaussian为商业软件,有详细的破解说明,偏偏第三个较为小众,费了一番周折。
在李继存老师撰写上面的文章的时候ACPYPE的github页面上可能还没有更新,那时候github和SF上下载下来的内容还稍有区别,不过现两者是一样的了。在github页面上现实最后更新于2014年8月。
现在给出两个下载选择:1.1github,1.2SVN
1.1-github
github链接,下载,解压
1.2-SVN
svn checkout http://svn.code.sf.net/p/ccpn/code/branches/stable/ccpn/python/acpype/ acpype
然后就会下载下来一个文件夹
2创建链接文件,使得acpype.py可以直接在命令行使用
进入刚刚解压完成的文件夹,或者下载的文件夹,就能看到我们需要的acpype.py
sudo ln -s <路径>acpype.py /usr/local/bin/acpype
注意,此处的acpype.py需要制定绝对路径