legend函数_ComplexHeatmap中legend位置的处理

在这篇文章中，我将介绍在ComplexHeatmap中legend的位置是如何自动调整的。注意这些新的特性只有在版本2.5.4之后才有。

Legend在热图中看起来好像是很简单的一个部分，只要放在热图的一边就行了。其实在ComplexHeatmap中，legend的处理用了很多代码，也是最麻烦的一个部分。为了让legend的位置看起来更自然，我花了很多时间和精力在它上面。

这篇文章只介绍legend在热图中的位置，关于legend本身的设置，请见ComplexHeatmap的手册。

本文所有的关于legend位置的设置，用户都无需操作。ComplexHeatmap基本上会自动选择合适的位置放置legend。本文的主旨是向大家介绍legend的位置是如何优化的。

在下面的例子中，我使用了一个10x10的随机矩阵。

library(ComplexHeatmap)
set.seed(123)
m = matrix(rnorm(100), 10)

在旧版本中(<= 2.5.3)，所有的legend放置在整张图的中间，如下图所示。如果热图下方没有列名的话，整体看起来还不错。下图中，左侧是Heatmap()绘制的结果，右侧加上了各个viewport的位置，这样可以方便观察legend是如何放置在相应的viewport中的。

当我们用热图对特别大的矩阵进行可视化，我们会选择不显示矩阵的列名，那么legend的位置看起来还可以。但是，对于只有少数列的矩阵并且需要将列名显示出来的时候，legend的位置就会很奇怪了。比如在下面的例子中，矩阵包含很长的列名：

colnames(m) = strrep(letters[1:10], 20)

legend看起来远离了热图本身，看起来很糟糕！

从版本2.5.4开始，在draw()函数中，我新加入了两个参数align_heatmap_legend和align_annotation_legend用来控制legend的位置。其中提供了三个选择：

• global_center：这和旧版本中保持一致，legend在整张图片中居中对齐。
• heatmap_center：legend在热图(heatmap body)中居中对齐。
• heatmap_top：legend对热图(heatmap body)的顶部对齐。

三种不同选择请见如下