利用ComplexHeatmap绘制热图(一)

作者简介

taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。

个人博客: https://ytlogos.github.io/

简介

Complexheatmap是由顾祖光博士创建的绘制热图的R包，在他的GitHub有十分详细的小品文(Vignettes)说明。Complexheatmap是基于绘图系统grid，因此如果有相应grid的知识，学习起来应该更顺手！

设计

Complexheatmap提供了一套非常灵活的方法用于多热图也就是热图列表布局以及支持自定义注释绘图，一个热图列表包含若干热图以及注释信息

绘制单个热图

安装

包的安装就不细说了，有不懂的可以翻我以前的博客，里面有详细的教程，下面直接给出安装代码不解释

# installed from bioconductor

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

biocLite("ComplexHeatmap")

# installed from GitHub

if(!require(devtools)){install.packages("devtools")}

devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")

创建数据集

pacman::p_load(ComplexHeatmap, circlize)

set.seed(7)

mat <- cbind(rbind(matrix(rnorm(16, -1),4), matrix(rnorm(32, 1), 8)), rbind(matrix(rnorm(24, 1), 4), matrix(rnorm(48, -1), 8)))

mat <- mat[sample(nrow(mat), nrow(mat)), sample(ncol(mat), ncol(mat))]

rownames(mat) <- paste0("R", 1:12)

colnames(mat) <- paste0("C", 1:10)

绘图

ComplexHeatmap绘制热图十分简单,使用默认参数

Heatmap(mat)