HMMer在Windows环境下的安装

最新推荐文章于 2024-03-08 23:52:37 发布
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分类专栏： 生信软件踩坑系列 文章标签： 生物信息 HMMer Windows环境 踩坑 不知道博客分类怎么填系列
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HMMer在Windows环境下的安装

遇到的困难

刚刚入门生信，想要学着用HMMer工作。尽管在下在移动硬盘里装好了Ubuntu系统，但是日常用的系统还是Windows（移动硬盘带Ubuntu还是有点二的），因此想在Windows下安装HMMer。然而：

官网www.hmmer.org上没有Windows版的下载链接

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

下载链接404

在这里插入图片描述

解决

懵逼的生物狗们，在下和你们一样懵逼，非计算机相关专业出身就这样，尤其是在缺乏指导的情况下，踩坑是第一要务！
以下提供两种解决方案：

方案1

在下在简书发现以前官网上好像是有Windows版本的下载的！如图：
在这里插入图片描述
原文链接

于是我猜想官网上只是没提供下载的链接，但是并没有撤掉（就是说没删掉服务器里的软件），于是方法有了：查看网页源代码
在这里插入图片描述
这里我要给生物背景想做生信的小伙伴们讲一下HTML，它是由标签组成的语言，用来描述网页。也就是说我们看到的网页其实是HTML告诉浏览器该在什么位置有个什么东西，然后浏览器给我们画出来的，这里只介绍一个标签：超链接标签<a href="网站">
在这里插入图片描述
现在大家看到hmmer的链接了，知道我要干嘛了吧~
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我先帮各位翻了一遍了，这个应该就是最新版，果然Windows对自由软件就是儿子啊
在这里插入图片描述

方案2

这个真是偶然发现以及不得不说自己弱智了
把人家给的那个404网址放到迅雷你猜会咋样？
在这里插入图片描述
附：人家的404网址：http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip

我就叫陌了这还能重名
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专栏目录
hmmer3.0_windows.zip
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    最近几天需要集中安装软件，尤其是不需要conda安装的，存在依赖的软件，尽量的自己去配置环境变量，针对个别在安装时报错的软件，简单记录一下，等过段时间有了数据后，会再具体的写一些这些软件的具体使用方法，结果解读。先简单说一下HMMER安装过程吧。    从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度，但其应用远没有bla
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HMMER提供了一类被称为profile hidden Markov models的工具，这些工具被用于制作蛋白质和DNA序列域家族概率模型，并且可以用这些工具注释新的序列。不同于Blast的是：HMMER使用集成算法（ensemble algorithm），而Blast使用optimal alignment。HMMER可用于进行灵敏的同源搜索、蛋白结构域的自动注释、深度多重比较数据集的管理等等，并且适用于多个对比和单序列对比。
Hmmer安装与使用-Hmmer-3.3.2（bioinfomatics tools-009）
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结构域对比~HMMER安装及应用
weixin_62735625的博客
06-27 2593
网址：http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip要复制到讯雷里下载要不然就是404 no found下载完成后：Win­dows10 用户打开 控制面板，搜索 环境变量，点击 编辑系统环境变量，选择 环境变量在 系统变量 里找到 ，点击 编辑点击右边的 新建 按钮，填入 HM­MER 所在的 路径之后在cmd里面测试能不能用，切换D盘后，输入hmmscan -h，回车出现这个说明可以使用了在Pfam(Pfam: Home pag
多序列比对算法MAFFT以及HMMER和profile文件的使用
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MAFFT新版本7有几个特性，包括将未对齐的序列添加到现有的对齐中，调整核苷酸对齐的方向，约束对齐和并行处理，这些都是在之前的主要更新之后实现的。 选择MAFFT多序列比对算法可能原因(优势)： １.在某些情况下，重要的生物学信息被包含在低质量的序列中。在这种情况下，首先选择高可靠的序列构建一个主干MSA，然后将其他的序列，包括低质量的序列加入到MSA中。因此，低质量序列对最终MSA的质量影响较小。 MAFFT多序列比对算法的问题(劣势) : 其子程序对profile比对时的不恰当应用, 包括两类做法:
Linux下hmmer安装避坑必看
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Linux下hmmer安装开始一切都很平常、普通，安装过程下方链接可以去看看 笔者是安装官方文档翻译的，写得十分详细，安装方法多样 添加链接描述 我是用wget安装的，一步一步按照说明安装 $ ./configure 参数 这里我用了自定义目录，安装在storage/home/software/hmmer-3.3.2/ 其他的安装步骤没有差别，但安装完，路径添加到 bashrc文件中，用的 export PATH="$PATH:/storage/home/software/hmmer-3.3.2/" 其
hmmer_windows zip
09-06
隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）是统计模型，它用来描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程。其难点是从可观察的参数中确定该过程的隐含参数。然后利用这些参数来作进一步的分析，例如模式识别。 是在被建模的系统被认为是一个马尔可夫过程与未观测到的（隐藏的）的状态的统计马尔可夫模型。
HMMER-3.1b2
07-29
非常好的序列本地化比对软件非常好的序列本地化比对软件非常好的序列本地化比对软件
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06-12
hmmer工具下载资源，The glorious master plan was to finish HMMER4 while hoping that HMMER3 stayed stable. Alas, HMMER4 development has been even slower than expected, and bugs and bitrot have accumulated on HMMER3. Here’s a new HMMER 3.2 release to tide us all over. I’m managing HMMER releases again, with Travis Wheeler having moved a while ago to a faculty position at U. Montana.
HMMER-序列分析软件介绍
qq_27390023的博客
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HMMER是一个软件包，它提供了制作蛋白质和DNA序列域家族概率模型的工具，称为轮廓隐马尔可夫模型、轮廓HMM或仅轮廓，并使用这些轮廓来注释新序列、搜索序列数据库以寻找其他同源物，以及进行深度多重序列比对。HMMER是已知蛋白质和DNA序列域家族的几种综合比对和图谱的基础，包括Pfam数据库。
Hmmer using Guide
weixin_33711647的博客
09-17 1041
Hmmer using Guide   从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及，这里是一篇入门级的介绍文章。 Hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装： % wget ...
基因家族分析③：linux下hmmer的安装与使用
wuyuankang的博客
07-19 7435
hmmer从官网下载最新版：http://www.hmmer.org/ 通过filezilla上传到linux系统中。 用mv命令将其放置在固定位置，我一般是~/app gz文件用gunzip解压，tar文件用tar -xf 命令解压 cd hmmer-3.3.2 ./configure make make check 完成安装 接下来需要修改调用命令，使得在任何地方都能调用hmmer软件。 笔者使用的是集群服务器，没有root权限，因此修改.bash_profile文件 vim .b
HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法
zs18242304295的博客
01-09 747
注意：这是一个二进制文件，和之前pfam数据库的文件有差别。下载的文件加后缀.gz,然后解压这个文件，gunzip。interpro网页说明。
ubuntu安装HMMER
09-04
要在Ubuntu上安装HMMER，可以按照以下步骤进行操作： 1. 首先，确保你的Ubuntu系统已经安装了gcc和g++编译器。你可以使用以下命令来安装它们： ``` sudo apt-get install build-essential ``` 2. 然后，从HMMER官方网站下载最新的HMMER源代码包。你可以使用以下命令下载： ``` wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz ``` 3. 解压缩下载的源代码包。你可以使用以下命令进行解压缩： ``` tar -xzvf hmmer.tar.gz ``` 4. 进入解压后的HMMER目录。你可以使用以下命令进入目录： ``` cd hmmer ``` 5. 对HMMER进行配置和编译。你可以使用以下命令进行配置和编译： ``` ./configure make ``` 6. 安装HMMER。你可以使用以下命令进行安装： ``` sudo make install ``` 7. 安装完成后，你可以使用以下命令来验证HMMER是否成功安装： ``` hmmscan --version ``` 这样，你就成功在Ubuntu上安装了HMMER。请注意，这些步骤假设你已经安装了必要的依赖库和软件，如GCC、G++和相关的开发包。如果你遇到任何问题，请参考HMMER的官方文档或寻求进一步的帮助。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [Ubuntu16.04安装后一些软件安装和环境配置](https://blog.csdn.net/zz683693/article/details/79192793)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [gem5运行SPECCPU2006benchmark](https://blog.csdn.net/qq_38877888/article/details/108759538)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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