HMMer在Windows环境下的安装

最新推荐文章于 2024-03-08 23:52:37 发布
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分类专栏： 生信软件踩坑系列 文章标签： 生物信息 HMMer Windows环境 踩坑 不知道博客分类怎么填系列
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HMMer在Windows环境下的安装

遇到的困难

刚刚入门生信，想要学着用HMMer工作。尽管在下在移动硬盘里装好了Ubuntu系统，但是日常用的系统还是Windows（移动硬盘带Ubuntu还是有点二的），因此想在Windows下安装HMMer。然而：

官网www.hmmer.org上没有Windows版的下载链接

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

下载链接404

在这里插入图片描述

解决

懵逼的生物狗们，在下和你们一样懵逼，非计算机相关专业出身就这样，尤其是在缺乏指导的情况下，踩坑是第一要务！
以下提供两种解决方案：

方案1

在下在简书发现以前官网上好像是有Windows版本的下载的！如图：

最低0.47元/天 解锁文章
pfamscan 的使用_Hmmer安装与使用
weixin_39640909的博客
12-20 1001
从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及。hmmer下载与安装对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/...
hmmer3.0_windows.zip
04-11
隐马尔科夫模型，分析生物序列，可以用来识别蛋白结构域
hmmer资源下载
06-12
hmmer工具下载资源，The glorious master plan was to finish HMMER4 while hoping that HMMER3 stayed stable. Alas, HMMER4 development has been even slower than expected, and bugs and bitrot have accumulated on HMMER3. Here’s a new HMMER 3.2 release to tide us all over. I’m managing HMMER releases again, with Travis Wheeler having moved a while ago to a faculty position at U. Montana.
HMMER-3.1b2
07-29
非常好的序列本地化比对软件非常好的序列本地化比对软件非常好的序列本地化比对软件
hmmer3.0a1.tar.gz
08-15
该软件可在linus系统条件下，进行蛋白质序列建模，以及蛋白质序列搜索。
隐马尔可夫模型工具 hmmer 2.3
08-31
目前可以使用的最好的hmm软件，用于模式识别
hmmer_windows zip
09-06
隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）是统计模型，它用来描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程。其难点是从可观察的参数中确定该过程的隐含参数。然后利用这些参数来作进一步的分析，例如模式识别。 是在被建模的系统被认为是一个马尔可夫过程与未观测到的（隐藏的）的状态的统计马尔可夫模型。
Hmmer using Guide
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09-17 1117
Hmmer using Guide   从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及，这里是一篇入门级的介绍文章。 Hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装： % wget ...
基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER
liangjinghui123的博客
12-10 2611
基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER。
hmmer-3.0.tar.gz
04-11
非编译的软件包，隐马尔科夫模型用于序列分析，如识别蛋白结构域
结构域对比~HMMER安装及应用
weixin_62735625的博客
06-27 3020
网址：http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip要复制到讯雷里下载要不然就是404 no found下载完成后：Win­dows10 用户打开 控制面板，搜索 环境变量，点击 编辑系统环境变量，选择 环境变量在 系统变量 里找到 ，点击 编辑点击右边的 新建 按钮，填入 HM­MER 所在的 路径之后在cmd里面测试能不能用，切换D盘后，输入hmmscan -h，回车出现这个说明可以使用了在Pfam(Pfam: Home pag
变色龙 3.0 windows 版本
01-22
变色龙 3.0 windows 版本 黑苹果必用！
Windows环境下HMMER30的使用亲测.doc
07-07
本文档将详细介绍如何在Windows环境下安装和使用HMMER3.0，并通过一个具体案例来展示其应用过程。 **1.1 下载** HMMER3.0的下载地址为：<http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip>。用户...
hmmer-2.2g.zip_HMM_HMMER_hmmer windows
09-22
而“hmmer-2.2g”很可能是源代码文件，用户可以编译并根据需要在Windows环境下运行。 学习和使用HMMER不仅能够帮助理解HMM的基本原理，还能应用于实际的生物信息学问题，如蛋白质家族分类、结构域预测以及功能注释...
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04-29 4189
    最近几天需要集中安装软件，尤其是不需要conda安装的，存在依赖的软件，尽量的自己去配置环境变量，针对个别在安装时报错的软件，简单记录一下，等过段时间有了数据后，会再具体的写一些这些软件的具体使用方法，结果解读。先简单说一下HMMER安装过程吧。    从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度，但其应用远没有bla
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08-10 1468
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01-09 1387
注意：这是一个二进制文件，和之前pfam数据库的文件有差别。下载的文件加后缀.gz,然后解压这个文件，gunzip。interpro网页说明。
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