结构域对比~HMMER安装及应用

最新推荐文章于 2024-07-31 23:27:11 发布
最新推荐文章于 2024-07-31 23:27:11 发布
阅读量2.6k 收藏 6
点赞数
分类专栏： 转录组代谢组分析 文章标签： 大数据
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_62735625/article/details/125471666
版权

安装

网址：http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip

要复制到讯雷里下载要不然就是404 no found

下载完成后：Win­dows10 用户打开 控制面板，搜索 环境变量，点击 编辑系统环境变量，选择 环境变量

在 系统变量 里找到 Path，点击 编辑

点击右边的 新建 按钮，填入 HM­MER 所在的 路径

之后在cmd里面测试能不能用，切换D盘后，输入hmmscan -h，回车

出现这个说明可以使用了

使用

在Pfam(Pfam: Home page)下载下载隐马尔可夫模型文件

具体步骤参照微信公众号文章《​万字长文！基因家族分析流程及保姆级实操流程》

然后将下载的hmm文件和protein文件放进安装hmmer的文件夹内

利用cmd运行软件

先D:，然后cd+安装路径

下载的hmm文件里HMMER3/f要换成HMMER3/b，不然会报错

然后运行命令hmmsearch 模型文件名.hmm 库文件名.fasta > 输出文件名.out

回车后就可以在文件夹内找到结果文件

钙小星
关注
专栏目录
HMMer在Windows环境下的安装
weixin_42628449的博客
01-16 1万+
HMMer在Windows环境下的安装遇到的困难官网www.hmmer.org上没有Windows版的下载链接下载链接404解决方案1方案2 遇到的困难 刚刚入门生信，想要学着用HMMer工作。尽管在下在移动硬盘里装好了Ubuntu系统，但是日常用的系统还是Windows（移动硬盘带Ubuntu还是有点二的），因此想在Windows下安装HMMer。然而： 官网www.hmmer.org上没有Wi...
隐马尔可夫模型工具 hmmer 2.3
08-31
目前可以使用的最好的hmm软件，用于模式识别
蛋白质结构比对
最新发布
weixin_60058341的博客
07-31 1838
③产生结构叠加后的蛋白质结构文件（PDB文件格式），可以根据叠加后的结构文件通过合适的蛋白质结构图形显示软件，具体观测两个蛋白质结构的相似性。进行蛋白质结构比对最直接的方法就是通过蛋白质空间结构图形显示软件，采用手动的方法讲一个蛋白质结构移到另外一个蛋白质结构上，然后观测两个结构相似的部分。分子间距离常用的是分子间均方根偏差（root mean square deviation，RMSD或cRMS），它表示的是两个优化叠加的子结构中对应的原子对间的距离差值的平方的平均值，再开方，即。
基因功能预测工具-HMMER的安装
weixin_56827666的博客
04-29 3954
    最近几天需要集中安装软件，尤其是不需要conda安装的，存在依赖的软件，尽量的自己去配置环境变量，针对个别在安装时报错的软件，简单记录一下，等过段时间有了数据后，会再具体的写一些这些软件的具体使用方法，结果解读。先简单说一下HMMER安装过程吧。    从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度，但其应用远没有bla
Hmmer安装与使用-Hmmer-3.3.2（bioinfomatics tools-009）
weixin_44874487的博客
03-08 6489
HMMER是一种基于隐马尔可夫模型（HMM）的深度学习算法，现已成为代替BLAST算法进行基因家族鉴定的有力工具。利用 hmmer 构建隐马尔可夫模型并寻找同源基因。
hmmer_windows zip
09-06
隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）是统计模型，它用来描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程。其难点是从可观察的参数中确定该过程的隐含参数。然后利用这些参数来作进一步的分析，例如模式识别。 是在被建模的系统被认为是一个马尔可夫过程与未观测到的（隐藏的）的状态的统计马尔可夫模型。
hmmer3.0_windows.zip
04-11
隐马尔科夫模型，分析生物序列，可以用来识别蛋白结构域
hmmer资源下载
06-12
hmmer工具下载资源，The glorious master plan was to finish HMMER4 while hoping that HMMER3 stayed stable. Alas, HMMER4 development has been even slower than expected, and bugs and bitrot have accumulated on HMMER3. Here’s a new HMMER 3.2 release to tide us all over. I’m managing HMMER releases again, with Travis Wheeler having moved a while ago to a faculty position at U. Montana.
HMMER-3.1b2
07-29
非常好的序列本地化比对软件非常好的序列本地化比对软件非常好的序列本地化比对软件
R语言绘制HMMER结构域预测结果结构图
06-14
在生物信息学领域，HMMER（Hidden Markov ModelER）是一个广泛应用的软件工具，用于蛋白质序列的结构域预测和模式识别。它基于隐马尔科夫模型（Hidden Markov Models，HMMs），能够高效地查找蛋白质序列中的保守结构...
hmmer-2.2g.zip_HMM_HMMER_hmmer windows
09-22
学习和使用HMMER不仅能够帮助理解HMM的基本原理，还能应用于实际的生物信息学问题，如蛋白质家族分类、结构域预测以及功能注释。同时，了解HMMER 2.2g的源代码也有助于理解早期的软件设计思路，为今后开发或优化类似...
hmmer3.0a1.tar.gz
08-15
该软件可在linus系统条件下，进行蛋白质序列建模，以及蛋白质序列搜索。
hmmer-3.0.tar.gz
04-11
非编译的软件包，隐马尔科夫模型用于序列分析，如识别蛋白结构域
Hammer 软件常用功能说明
06-07
Hammer是超站使用的调试工具，与DebugerShell都是常用的调试工具，在功能上有很多类似的地方，但是也存在使用上不一致的地方，说明如下。
hmmer-2.3.2-MPI-0.92.tar.gz_HMMER_MPI_hmmer3.2.1 windpws_hmmer下载
09-22
在生物信息学领域，HMMER的应用广泛，包括但不限于：蛋白质家族的鉴定、基因预测、蛋白质结构域的识别等。通过构建HMM模型，HMMER能够识别出序列中的保守区域和变异区域，从而帮助科学家理解蛋白质的功能和进化关系...
pfamscan 的使用_Hmmer安装与使用
weixin_39640909的博客
12-20 888
从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及。hmmer下载与安装对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/...
HMMER使用
Yaopufu的博客
11-02 3367
对hmm文件建库 hmmpress [options] hmmfile hmmscan [options] hmmdb seqfile
基因家族分析③：linux下hmmer的安装与使用
wuyuankang的博客
07-19 7832
hmmer从官网下载最新版：http://www.hmmer.org/ 通过filezilla上传到linux系统中。 用mv命令将其放置在固定位置，我一般是~/app gz文件用gunzip解压，tar文件用tar -xf 命令解压 cd hmmer-3.3.2 ./configure make make check 完成安装 接下来需要修改调用命令，使得在任何地方都能调用hmmer软件。 笔者使用的是集群服务器，没有root权限，因此修改.bash_profile文件 vim .b
基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER
liangjinghui123的博客
12-10 1900
基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER。
ubuntu安装HMMER
09-04
要在Ubuntu上安装HMMER，可以按照以下步骤进行操作： 1. 首先，确保你的Ubuntu系统已经安装了gcc和g++编译器。你可以使用以下命令来安装它们： ``` sudo apt-get install build-essential ``` 2. 然后，从HMMER...
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值