DNA六元纳米管-续

最后调整出来的在AMBER构建百分之八十的100mM的氯化钠乙醇溶剂的方法：

（1）在GROMACS采用insert的方法插入既定数量的乙醇分子和水分子。

（2）百分之八十是质量浓度，别按体积浓度算

（3）等盒子收敛到一定程度的时候，再根据体积算出来要多少氯化钠分子。

（4）由于盒子收敛的时候体积变化太大，会报错：

SANDER BOMB in subroutine nonbond-list

  volume of ucell too big, too many subcells

 list grid memory needs to be reallocated, restart sander

解决的办法是，先不加热，先进行density（也就是将压力维持在1atm，温度此时暂时设定为10K），等到盒子的体积不变的时候，再进行加热。问题是当dt = 0.02，体系还是会炸掉，所以我一直用的都是0.01的步长。

所以，我探索出来的正常的流程是这样的：

一 先构建乙醇 水 氯离子 钠离子的pdb文件

1 乙醇的

      在薛定谔中画好乙醇的结构，保存为mol2格式，然后在antechamber中计算电荷，输入的命令为：

     antechamber -i ethanol.mol2 -fi mol2 -o ethanol-amb.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0

     然后

     parmchk2  -f ethanol-amb.mol2 -o ethanol.frcmod 其实这里的frcmod文件是空的，因为不缺少参数‘

     接下来，在leap中

             source leaprc.ff14SB

             source leaprc.gaff

             loadoff ethanol.lib

             a  = loadpdb  ethanol-amb.pdb

             check a

             savepdb a ethanol-leap.pdb

             quit

这样子的话，乙醇的pdb文件就准备好了，最终乙醇的pdb