分子动力学仿真软件：AMBER_（9）.结合自由能计算与应用案例

最新推荐文章于 2025-04-08 15:24:32 发布
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分类专栏： 分子动力学仿真 文章标签： 模拟仿真 仿真模拟 分子动力学
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结合自由能计算与应用案例

在分子动力学仿真中，结合自由能（Binding Free Energy, BFE）计算是一种重要的方法，用于评估配体与受体之间的结合强度。AMBER软件提供了多种方法来计算结合自由能，如热力学积分（Thermodynamic Integration, TI）、绝对结合自由能（Absolute Binding Free Energy, ABFE）计算等。本节将详细介绍如何在AMBER中进行结合自由能的计算，并提供具体的应用案例。

在这里插入图片描述

热力学积分（Thermodynamic Integration, TI）

热力学积分是一种通过计算系统的平均势能来估计结合自由能的方法。在AMBER中，TI通常通过分子动力学模拟来实现。具体步骤如下：

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多尺度仿真软件：GROMACS_（9）.高级模拟技术：自由能计算
kkchenjj的博客
03-02 1004
在拓扑文件topol.top中，添加以下内容来定义λ\lambdaλ[ system ];Name;Molecule 1在拓扑文件topol.top[ system ];Name;Molecule 1在;[ bonds ];1 2 1 2;在拓扑文件topol.top[ system ];Name;Molecule 1在;[ bonds ];1 2 1 2;;在拓扑文件topol.top。
生物分子仿真软件：AMBER_（12）.自由能计算
kkchenjj的博客
03-18 1083
创建一个输入文件ti.in，定义λ的取值范围和步长。假设我们使用10个λ值从0到1进行计算。# TI输入文件 ti.in&cntrlimin = 0,!进行分子动力学模拟总步数时间步长ntc = 2,!约束键长ntf = 2,!计算非键作用时忽略键长ntb = 2,!周期性边界条件ntp = 1,!压力控制目标压力压力弛豫时间ntt = 3,!温度控制（Langevin动力学）目标温度Langevin摩擦系数ig = -1,!随机数种子每500步输出能量信息。
AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算技术与应用
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一、引言在生命科学和化学领域，理解分子体系的结构与动态行为以及分子间相互作用的能量本质至关重要。AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement）作为一款广泛应用的分子动力学模拟软件包，为科学家们提供了强大的工具来开展相关研究。其分子动力学能量优化与分析功能，能够帮助研究人员精准地确定分子的稳定构象，深入探究分子的动态变化过程；
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一：自由能计算简介   基于结构的药物设计方法有多种多样，包括分子对接、数据库搜索以及从头设计等等，但是它们最终往往都面临一个同样的问题就是药物分子活性的评价。许多药物和其它生物分子的活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的，所以受体和配体之间结合自由能(binding afinity)评价是基于结构的计算机辅助药物分子设计的核心问题。精确的自由能预测方法能够大大提高药物设计的效率。在过
生物分子仿真软件：AMBER_（11）.高级模拟技术
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03-18 640
通过分析不同窗口的模拟数据，可以计算出系统的自由能曲线。热力学积分是一种计算自由能的方法，通过在不同热力学状态下进行模拟，逐步改变系统参数（如温度、压力等），并计算积分来得到自由能差。热力学积分通过在不同的热力学状态下进行模拟，逐步改变系统参数，计算系统的平均势能差，并通过积分得到自由能差。伞形采样的核心思想是在反应坐标的不同区域施加一个谐波约束力，使系统在该区域进行有效的采样。自由能扰动是一种计算自由能的方法，通过在两个相似系统之间进行扰动，计算系统的平均势能差，并通过扰动理论得到自由能差。
GROMACS计算结合自由能之自由能微扰
weixin_44873868的博客
05-01 1423
而在具体的计算中，不需要将配体分子和受体分子之间的相互作用按照热力学循环每一个步骤进行单独计算，只需要慢慢的打开和关闭两者之间的相互作用，通过转换，就可以得到最后的自由能。Lamda为0时是该体系的第一个模拟，在该状态下，相互作用是全部打开的，而随后慢慢打开Coul作用，之后继续打开vdw作用，这相当于上述循环右侧的耦合步骤，逐步增加配体-环境或者受体-配体之间的作用。如下图所示，直接计算受体-配体之间的结合自由能是比较困难的，但是通过炼金术方法，可以将自由能的计算转化在热力学循环中。
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分子动力学模拟是研究生物分子系统行为的强大工具。通过AMBER进行分子动力学模拟，可以从分子结构的获取和预处理，到拓扑文件和坐标文件的生成，再到模拟参数的设置和模拟运行，最后进行结果分析和验证。每个步骤都至关重要，需要仔细设置和验证，以确保模拟的准确性和可靠性。
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利用利用MMPBSA计算多聚体的结合自由能
rogerzhanglijie的专栏
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05-24
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9道Linux性能高频题整理(附答案背诵版)
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