分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF

最新推荐文章于 2024-04-30 15:18:32 发布
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文章来源：公众号“科研讨论圈”

以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。

  • 分子动力学入门理/论                                                                                                                      
  • 分子力学简介
    1. 分子力学的基本假设
    2. 分子力学的主要形式
  • 分子力场
    1. 分子力场的简介
    2. 分子力场的原理
    3. 分子力场的分类及应用
      LINUX入门
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amber分子动力学模拟干货总结
Angus_1的博客
07-16 1583
AMBER软件安装运行、模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA方法结合自由能计算、另配合专业案例及经典文章案例复现 分子动力学入门理论 教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。 分子力学简介 分子力学的基本假设 分子力学的主要形式 分子力场 分子力场的简介 分子力场的原理 分子力场的分类及应用 分子动力学 分子动力学流程 AM
利用Amber热力学积分计算相对自由能变化
Cloudam的博客
11-24 803
将两个pdb文件（FEN.pdb和BEN.pdb）中同样位置的全部重原子，保存成同样的坐标，注意名字要和lib中的一样，放成一个lig.pdb，在下面的tleap过程中，tleap会自动根据lib文件将complex中的原子变成真实的样子，这样做是为了保证一样原子的位置完全一致，减少不必要的变量。对比两个去水后的文件，发现由于Amber重编号，突变的残基变为84位，此时使用check_diff_online.py，来保证不是突变的残基的位置都绝对一致，以允许进行TI过程。设置出发和结束原子。
结合自由能的计算
rogerzhanglijie的专栏
10-31 1万+
一：自由能计算简介   基于结构的药物设计方法有多种多样，包括分子对接、数据库搜索以及从头设计等等，但是它们最终往往都面临一个同样的问题就是药物分子活性的评价。许多药物和其它生物分子的活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的，所以受体和配体之间结合自由能(binding afinity)评价是基于结构的计算机辅助药物分子设计的核心问题。精确的自由能预测方法能够大大提高药物设计的效率。在过
分子动力学在酚类-葡萄糖苷酶作用机制研究中的应用
最新发布
Yinfo_Tec的博客
04-30 734
研究人员采用亲和超滤结合高效液相色谱法从糙米结合态酚类提取物（BRBPE）鉴定出7种酚类化合物：3种单体（对香豆酸、阿魏酸、阿魏酸甲酯）、3种二聚体（8-5’、5-5’、8-O-4’二阿魏酸）和1种三聚体（5-5’/8-O-4’脱氢三阿魏酸）。分子动力学模拟进一步揭示了酚类-葡萄糖苷酶复合体的结构和分子性质。研究人员运用分子动力学模拟，通过均方根偏差（RMSD）、均方根波动（RMSF）、旋转半径（RG）和结合自由能等指标分析了研究体系的动态稳定性、结构变化和相互作用力，解释了酚类物质抑制酶活性的作用机制。
gromacs PCA 做自由能景观图
xiaolan39的博客
05-13 7425
在文献中看到有人做自由能景观图，记录下自己的操作过程 参考http://www.kangsgo.com/49.html http://sobereva.com/73 https://www.zhihu.com/question/19895566 跑完动力学后蛋白比对 gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -fit rot+trans -o mdfit.xtc 选择backbone 以及 system用于输出 然后生成协方差 gmx covar -s md.gro -f mdfi
液晶弹性自由能计算_Gromacs结合自由能计算教程（二）
weixin_32160507的博客
12-24 817
如何计算自由能？筱朗：Gromacs结合自由能计算教程（一）​zhuanlan.zhihu.com续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。这一节将会讲解计算炼金术自由能中每一步热力学过程所涉及的自由能计算方法。首先回顾一下炼金术热力学的途径，我们会涉及到一个讲研究对象从其环境中解耦和的过程，在这个过程中我们会先后且逐步地关闭与环境的静电作用与范德华作用，保证相邻模拟间...
ProtoCaller:GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能的全自动计算
05-01
呼叫者 关于 ProtoCaller是一个Python库，可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程，例如：Biopython，BioSimSpace，CHARMM-GUI，（可选）Modeller，Open Babel，ParmEd，PDB2PQR，pdbfixer，RDKit。 ProtoCaller可以在Linux和macOS上运行。 安装简便，可通过Conda执行。 请检查其他部分以获取更多信息。 安装 该程序包通过Conda分发。 要安装它，请运行以下命令： conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller 可以使用以下命令安装开发版本（请谨慎使用）： conda install -c con
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19)
01-08
AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于AMBER国外网站下载非常不稳定，经常掉线，并且每次...
基于amber分子动力学: 蛋白质-蛋白质亲和力计算实作范例
05-15
基于amber分子动力学是指使用AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement）分子动力学模拟software来研究蛋白质-蛋白质亲和力的计算实作范例。AMBER是美国国立卫生研究所（NIH）开发的一款分子动力学...
基于amber分子动力学: 蛋白质-抑制剂亲和力计算实作范例
05-15
amber分子动力学是一种常用的分子模拟方法，能够模拟蛋白质和小分子的相互作用，计算蛋白质-抑制剂的亲和力。 在药物设计中，蛋白质-抑制剂的亲和力计算是一个关键步骤。 amber分子动力学可以模拟蛋白质和抑制剂...
计算核酸backbone的RMSF
06-04
计算核酸backbone的RMSF的TCL脚本 一般在VMD中使用 一般在蛋白中我们选取Ca，RNA中我们选取C5‘
计算蛋白Ca的RMSF
06-04
计算蛋白backbone的RMSF的TCL脚本 一般在VMD中使用 一般在蛋白中我们选取Ca，RNA中我们选取C5‘
分子模拟简介:包含简易实践amber分子动力学计算方法
05-15
通过Amber进行分子动力学计算，我们可以研究一系列重要的生物化学问题，包括化学反应动力学、构象变化、蛋白质折叠以及配体结合等。 分子动力学模拟的核心在于对时间与空间尺度的连续处理。它使用经典力学中的牛顿...
分子动力学模拟的Lammps实现.rar_lammps_lammps教程_分子动力学
07-14
它支持多种计算模型，包括经典分子动力学、分子力学、蒙特卡洛模拟，甚至还有量子力学的某些近似方法。LAMMPS以其高效、灵活和易于扩展的特点深受科研人员喜爱。 **分子动力学模拟：** 分子动力学是一种基于牛顿...
分子模拟动力学模拟软件Genesis.zip
06-28
4. **分子动力学分析**：提供丰富的后处理工具，如轨迹分析、结构分析、能量分析、扩散系数计算等，帮助用户理解模拟结果。 5. **界面友好**：Genesis的图形用户界面（GUI）使得设置和运行模拟变得简单，同时提供...
自由能计算专题3：gromacs计算自由能的7种方法案例
mt811的博客
04-22 1万+
前言 本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例，教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理，关于自由能计算原理和方法可以参考自由能专题1：原理及常见方法分析原理可以常考自由能专题2：计算与分析指南。该教程全部都经过本人的亲自的模拟和分析，确保无误，从实际操作出发，一步一步手动实现自由能的计算与分析，有助于理解自由能计算原理和结果分析。本教程主要采用GROMACS (5.1.4)分子动力学软件包来进行操作。以下案
Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确
xiaolan39的博客
02-15 740
Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确
基于Gromacs的蛋白分子动力学模拟（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半径）
热门推荐
weixin_44873868的博客
12-19 3万+
一、实验要求 实验对象：目标体系为modeller或其他方法建模的结果中评价最好的模型。 软件： Gromacs-5.1.2 二、实验步骤 加立场 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 2、加模拟盒子，溶剂层厚度为0.8nm。 gmx editconf -bt ( boxtype: 做三个盒子的对比cubic/triclinic/dodecahedron ), -d 0.8 , 比较三种类型的盒子水分子数目差别。 3、加水

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