实现SEEG电极触电的自动分割

目录

 

事先准备

操作步骤

一、图像数据预准备

二、数据导入及预准备

补充知识

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事先准备

• 数据：植入电极前的MRI（20年4月）、植入电极后的CT（20年9月）

 

• 软件：ContactSegmentation_SYSU、3D Slicer

 

操作步骤

声明：一定要看“User Manuals for ContactSegmentation_SYSU"和fsppt

一、图像数据预准备

一开始所给数据没带.dcm后缀，想用3D Slicer export一遍（export的路径不能带中文），后来重新给的MRI就是dcm格式的，只需将文件夹重命名为“MR_T1”就好

1.1.1 import带目标dicom的文件夹

1.1.2  load目标series 

 1.1.3 在“data”Module下导出series

路径不能带中文！！！

 

数据没带.dcm后缀，解决方法一：用3D Slicer export一遍，变成dicom（export的路径不能带中文），和1.1类似；方法二：将文件后缀加上.dcm，就可以变成dicom格式

选OJESTMVN文件夹（带有188个文件）

SeriesNumber：5

 

1.3.1 FreeSurfer入门（将.dcm→brainmask.mgz）

看PPT：freesurfer--第10次--用Freesurfer进行预处理1.0--page10

过程：

1、找到freesurfer的工作目录。

打开Terminal，输入命令：

cd $SUBJECTS_DIR

用pwd检查当前工作目录；

2、手动找到mysubjectdata文件夹，并在里面新建文件夹“huang_xuping"，然后将“MR_T1"文件夹放入“huang_xuping"

3、Terminal输入命令：

cd huang_xuping

继续输入以下命令：

dcmunpack -src . -scanonly huang.log

dcmunpack：意为“文件打包”，表示对MR_T1的dicom序列进行打包整理，生成一个文本文件，筛选出符合freesurfer输入要求的dicom文件。
-src：是“source”是所写，表示需要访问的源文件，后面接“.”或者完整路径。
. ：表示指定当前dicom文件所在路径。
-scanonly scan.log：表示浏览并生成文本文件scan.log，“scan.log”是文件名称，可以自行更改。

上述命令用于筛选出符合freesurfer输入要求的dicom文件，将用时2-5分钟，耐心等待，不能关闭终端窗口。

结果

 

4、进入MR_T1文件夹，再接着进入ScalarVolume_17文件夹：

cd MR_T1
cd ScalarVolume_17

再输入命令：

recon-all -all -i IMG0001.dcm -s  surf_huang

第二个‘-all’表示进行全部的重建过程； ‘IMG0001.dcm’表示符合要求的dcm文件之一；‘surf_huang’表示重建结果的文件夹名称

等待8-30个小时即可得到重建结果，结果在“surf_huang”中

结果在surf_huang文件夹中会生成八个子文件夹：label、mri、scripts、stats、surf、tmp、touch、trash ，如下图所示：

各个文件夹的包含关系如下：

1.3.2 将得到的brainmask.mgz  export 成‘FsBrainmask’

brainmask.mgz位于mri文件夹：

打开3D Slicer，从“data” load  brainmask.mgz

 再export成dicom格式：

二、数据导入及预准备

• 所用的软件为ContactSegmentation_SYSU
• Mac所用数据存放位置 MR_T1:FirstLYL→Presurgery-T1202004A→MR_T1           CT:FirstLYL→CT             FsBrainmask:FirstLYL→FsBrainmask

 2.1 数据导入与预处理

2.1.1 选择dicom类型，导入MR_T1（MR_T1里面应该直接是dicom文件！！！不能有ScalarVolume！！！否则无法配准！！！其他文件夹的导入同理）

2.1.2 先将导入的dicom进行最近邻插值，对三维体数据进行重建。再进行RAS坐标变换

2.1.3 对CT和brainmask.mgz分别重复2.1.1-2.1.2

2.1.4 选择nii类型，导入MNI标准脑文件avg152T1.nii，重复2.1.2

2.2 图像配准

2.2.1 将CT配准到MRI上

Fixed Volume： MR_T1
Moving Volume： CT
InitialRadius： 0.005
MaxInterations： 1000

右边红框是配准结果

2.2.2 将FsBrainmask（大脑掩膜）配准到regCT（已配准的CT）上

Fixed Volume： regCT
Moving Volume： FsBrainmask
InitialRadius： 0.005
MaxInterations： 1000

右边红框是配准结果

2.2.3 将MRI配准到标准脑上

Fixed Volume： avg152T1
Moving Volume： MR_T1
InitialRadius： 0.0001
MaxInterations： 3000

右边红框是配准结果

三、分割电极

输入待分割的电极数，并点“segmentation”，等半天就会出电极分割的结果了，还有分割过程的数据

补充知识

括号内的是3D Slicer界面的各平面简称

1.冠状面（R）Coronal section，又称额状面。从左右方向，沿人体的长轴将人体纵切为前、后两部分的切面。这种提法只是为了在临床中将器官位置描述的更具体

2.矢状面（Y）Sagittal section，把人体分成左右两面的解剖面。

3.水平位（G）Transverse section，又称横断位，即左右、前后构成的面为水平位

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