Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-7-4

最新推荐文章于 2020-10-15 22:40:57 发布
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分类专栏： bioinformatics 文章标签： Bioinformatics
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本文是Oreilly的《Bioinformatics Data Skills》学习笔记，聚焦于Chapter 7的Advanced Shell Tricks部分，特别是Subshells和Named Pipes及Process Substitution的应用。通过举例说明如何使用mkfifo创建命名管道，并利用echo和cat进行数据读写操作。
摘要由CSDN通过智能技术生成

接上一篇Chapter7

Advanced Shell Tricks
Subshells
$ echo "this command"; echo "that command" | sed 's/command/step/'
this command
that step
$ (echo "this command"; echo "that command") | sed 's/co
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weixin_42953727
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Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-7-2
weixin_42953727的博客
08-29 366
接上一篇Chapter 7 The All-Powerful Grep grep “pattern” files –color=auto grep 是贪婪匹配，用**-w**进行准确匹配（constraining our matches to be words），默认输出行。 $ cat example.txt bio bioinfo bioinformatics computational ...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-11-1
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09-08 745
Chapter 11 Working with Alignment Data 突然觉得这是一本比较基础的且要有耐心才能看下去的书，但作者介绍的比较繁琐，没有直入主题，基本的分析流程和背景并不太成体系。有基础的人甚至可以直接跳到11章，想快点看完进入下一本了。 The Sequence Alignment/ Mapping (SAM) format for mapping data (and its...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-1
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08-22 499
Chapter1. How to learn bioinformatics 看起来是琐碎的小技巧，甚至是关于信仰的东西，可能要真正投入进去，才能慢慢体会，看得不太认真，许多略过的东西，以后可以再回头看。 Test Code, or Better Yet, Let Code Test Code 学到了用Code test code: ...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly——学习生信的入门好书
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08-21 3139
翻阅《生信宝典》公众号，偶然看到推荐的两本生信入门好书，分享给大家： 《Bioinformatics Data Skills - - Reproducible.and.Robust.Research.with.Open.Source.Tools》链接:》链接: 接: https://pan.baidu.com/s/1c2g0MPU 密码: 密码: v2c9 《Bioinformatics wi...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-4、5
weixin_42953727的博客
08-25 199
Chapter4 Working with Remote Machines Maintaining Long-Running Jobs with nohup and tmux 1. nohup Because the nohup command is catching and ignoring these hangup signals, the program you’re running won...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-2
weixin_42953727的博客
08-23 257
Chapter2 Setting Up and Managing a Bioinformatics Project Organizing Data to Automate File Processing Tasks Shell Expansion Tips $ echo dog-{gone,bowl,bark} dog-gone dog-bowl dog-bark $ mkdir -p zm...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-9
weixin_42953727的博客
09-01 203
Chapter9 Working with Range Data A Crash Course in Genomic Ranges and Coordinate Systems CrossMap is a command-line tool that converts many data formats (BED, GFF/ GTF, SAM/BAM, Wiggle, VCF) between c...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-7-1
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08-26 363
PART III Practice: Bioinformatics Data Skills Chapter7 Unix Data Tools Inspecting and Manipulating Text Data with Unix Tools In this chapter, we’ll work with very simple genomic feature formats: BED (...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-7-3
weixin_42953727的博客
08-31 256
接上一篇Chapter7 Text Processing with Awk Two basic concepts——records and fields, and pattern-action pairs Assigns the entire record to the variable $0, and field one’s value is assigned to $1, field two’...
Lecture 5——DNA-seq-2_Bioinformatics and Statistical Topics
weixin_42953727的博客
10-15 959
本文图片来自于学习视频——新一代测序技术数据分析第五讲 DNA-seq2_Bioinformatics and Statistical Topics Sequence mappability Human genome The minimum length (number of nucleotides) can be uniquely mapped back to human genome? In...
Lecture 3——DNA-seq-1
weixin_42953727的博客
10-14 818
本文图片来自于学习视频——新一代测序技术数据分析第三讲 DNA-seq Review Alignment srategies Smith-Waterman(speed too slow to use) Fast alignment Hash table Seed and extension Mask(for mismatches) Suffix tree/prefix tree Suffix ar...
山大公开课笔记2
weixin_42953727的博客
10-08 786
第五节 蛋白质数据库 一、一级蛋白质数据库 一级蛋白质序列数据库 swissprot、TrEMBL、PIR 三者共同构成UNIPROT （1）swissprot: 一个人工注释的蛋白质序列数据库，拥有注释可信度高、冗余度小的优点。由欧洲生物信息学研究生EMBL-EBI与瑞士生物信息学研究生SIB共同管理。 （2）TrEMBL（translation from EMBL）: 一个计算机注释的蛋白质...
生信学习网站推荐
weixin_42953727的博客
10-15 766
I’m back! 好久不更新博客了，不过学习依旧持续着 B站上有好多免费的生信课程，最近在学习“生信技能树”出品的生信教程，很干货，收获很多，推荐给初学的小伙伴们。 生命不息，学习不止，想学好生信在于多听多看和多多练习，同时不断思考，保持兴趣。这一阶段的目标是复现文章数据分析，加油！ ...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-11-2
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Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-10
weixin_42953727的博客
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半路出家会有很多困惑，我想若要踏实基础，一步步了解二代测序所有过程，读paper应该是正统。因此今天在Web of Science中检索"next-generation sequencing analysis method"，找到多篇关于二代测序的发展历史，分析方法及应用等方面的文章，并在读后记录下来心得，应该会有所提高。 第一篇： 来自于：Omics Technologies and Bio-...
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《BIOINFORMATICS：概念基础入门》- 生物信息学初学者的优秀指南
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