NGS基础
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Where there is a will, there is a way
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Lecture 5——DNA-seq-2_Bioinformatics and Statistical Topics
本文图片来自于学习视频——新一代测序技术数据分析第五讲 DNA-seq2_Bioinformatics and Statistical TopicsSequence mappabilityHuman genomeThe minimum length (number of nucleotides) can be uniquely mapped back to human genome?In...原创 2019-10-15 09:29:46 · 958 阅读 · 0 评论 -
Lecture 3——DNA-seq-1
本文图片来自于学习视频——新一代测序技术数据分析第三讲 DNA-seqReviewAlignment srategiesSmith-Waterman(speed too slow to use)Fast alignmentHash tableSeed and extensionMask(for mismatches)Suffix tree/prefix treeSuffix ar...原创 2019-10-14 08:44:12 · 809 阅读 · 0 评论 -
新一代测序技术数据分析第一讲(综述)
本文图片来自于学习视频——新一代测序技术数据分析第一讲(综述)SOLiD: Sequence-by-ligationAmplification: emulsion PCRBase detection:mixture of labeled oligonucleotides and queriesthe input strand with ligaseColor space vs. bas...原创 2019-10-10 20:18:54 · 2079 阅读 · 0 评论 -
next-generation sequencing analysis method——paper1
半路出家会有很多困惑,我想若要踏实基础,一步步了解二代测序所有过程,读paper应该是正统。因此今天在Web of Science中检索"next-generation sequencing analysis method",找到多篇关于二代测序的发展历史,分析方法及应用等方面的文章,并在读后记录下来心得,应该会有所提高。第一篇:来自于:Omics Technologies and Bio-...原创 2019-09-26 21:47:45 · 590 阅读 · 0 评论 -
生信分析常用软件记录
20190727,在学习二代分析的过程中,只是根据别人已经建好的轮子照抄照搬,并不能真正理解每一步为什么要用这个软件,以及软件之间的区别。因此今天记录一些生信分析过程(主要是二代测序)中常用的软件,若有时间去查看一下每个软件的功能、官方介绍和算法等。不按顺序的杂乱记录sd linux安装软件R, tanperl5lib, augustus-3.3.2, bamtools-2.4.2, bed...原创 2019-07-27 13:25:28 · 2566 阅读 · 0 评论 -
生信小白学习日记Day7——WGS分析流程(picard)
2019年6月2日,周日,天气晴,pass 上午。开始学习NGS分析,继BWA比对和SAM文件排序转BAM后的流程。NGS分析step5 Mark Duplications参考这篇:GATK使用方法详解。https://www.plob.org/article/7009.html在制备文库的过程中,由于PCR扩增过程中会存在一些偏差,也就是说有的序列会被过量扩增。这样,在比对的时候,这些过...原创 2019-06-02 16:39:42 · 13402 阅读 · 5 评论 -
生信小白学习日记Day6——NGS分析流程(before bwa)
2019年6月1日,祝大家节日快乐,抖音上有个视频,采访10后熊孩子:你认为90后现在多大了?熊孩子:umm, 40-50岁吧;“你认为他们还应该过儿童节吗?”“不应该,因为他们已经是老人了。”==!上一篇文章中用bwa mem算法进行序列比对时, 用到了一些上一步产生的laneid、{lane_id}、laneid、{sample}的这些变量,那么这篇就来尝试解读一下bwa比对之前批量读取原...原创 2019-06-20 19:27:25 · 1082 阅读 · 0 评论 -
生信小白学习日记Day4Day5——NGS基础 NGS分析注释(BWA软件)
2019年5月30日,晚上,心情变好,好几天没更新了,看到男朋友在学一款软件,我也近朱者赤,来继续注释Day2-2中NGS分析流程中的一个重要软件——BWANGS基础NGS分析注释BWABWA是目前常用的将测序回来的reads比对到参考基因组上的软件,简单来说,参考基因组相当于一整块已知的地图,而reads是被切碎的,与已知地图存在少量区别的地图碎片,而BWA要做的就是找到两者之间的相似信...原创 2019-05-30 23:29:33 · 2285 阅读 · 3 评论 -
生信小白学习日记Day3——NGS基础 NGS分析注解(质量分析软件)
2019年5月27日,天气舒适,忙碌一天之后开始今天的生信学习。今天就昨天Day2-2的一些标记加以查询说明,仅供参考。NGS基础NGS分析注解1. 质量分析软件昨天提到,拿到数据后可以通过一些软件来评估测序质量的好坏,包括fastqc、multiqc、SolexaQA等。我们今天来了解一下multiqc和SolexaQA的使用。multiqc来自于博文:https://blog.cs...原创 2019-05-27 22:41:24 · 3113 阅读 · 1 评论 -
生信小白学习日记Day2-2——NGS基础 NGS分析
2019年5月26日下午,无意中看到hanli0902的关于NGS分析的博文https://blog.csdn.net/hanli1992/article/details/82790386有很多需要学习的地方,在这里贴一些并就不理解之处做些笔记,仅供参考。NGS基础——NGS分析NGS 分析步骤1. 质量分析fastqc、multiqc、SolexaQA测序数据的质量好坏会影响我们的下...转载 2019-05-26 15:51:27 · 3417 阅读 · 1 评论 -
生信小白学习日记Day2——NGS基础 illumina高通量测序原理
2019年5月26日,周日,小雨说明:阅读生信宝典和查阅文章的总结,原文请关注公众号生信宝典,参考的博文都附有链接,仅供参考。生信宝典NGS基础——高通量测序原理本文介绍了测序文库构建原理、链特异性文库构建方式和识别方法、测序簇生成过程、双端测序过程、测序接头产生、PCR duplicate、测序通量选择标准等。原文都是一张张PPT,截图下来之后,附一些自己理解的注释吧以目前最常用的il...原创 2019-05-26 12:43:09 · 11910 阅读 · 1 评论 -
生信小白学习日记-day1——NGS基础 FASTQ格式解释和质量评估
2019年5月25日,一个普通的周六,正在听的歌——北京东路的日子,开始学习生信,写博客。生信宝典系列教程关于编程学习的一些思考知乎专栏:https://zhuanlan.zhihu.com/Data-Analysis这篇文章讲述两个问题:系统学习还是遇到问题再找答案?是否要写博客。第一个问题,两种途径都可以,都可以成为大神,但其一,要付出足够多的时间去写代码,修复bug;其二,要多...原创 2019-05-25 16:58:37 · 2613 阅读 · 0 评论