AutoDockVina安装 + 分子对接（docking）教程 + smiles2pdb2pdbqt

完整的代码直接看：D:\Pycharm_workspace\gypsum_dl-1.2.0，这里面问我已经写好了很多功能，包括：

1. smiles2pdb：（smiles2pdb.py）
2. pdb2pdbqt：（docking/pdb2pdbqt.py）
3. 批量docking亲和力计算：（docking/docking_affinity_score.py）

最近看到一个新的对接程序：GitHub - codezhouj/Molecular_Docking

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一、得到蛋白质的pdbqt文件：

AutoDock Vina 安装教程：1安装_哔哩哔哩_bilibili

下载地址：https://vina.scripps.edu/wp-content/uploads/sites/55/2020/12/autodock_vina_1_1_2_win32.msi

可视化工具下载：MGLTools：Downloads – mgltools

注意：安装过程中要注意按照视频中的教程将vina.exe复制到这里，否则后面会出错：

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附：用PYMOL绘制图片教程：13用PYMOL绘制图片_哔哩哔哩_bilibili

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1、去除蛋白质中的小分子

最后用于分子对接的受体的pdbqt文件是要去除小分子的，可以使用pymol去除小分子，从而得到没有小分子的配体文件

用pymol删除以后然后保存为pdb

一、导入蛋白质pdb文件（去水、加氢）

注意：

最后用于分子对接的受体的pdbqt文件是要去除小分子的，可以使用pymol去除小分子，从而得到没有小分子的配体文件

发现有很多小红点（水分子）【也有可能没有】 

 

1、去掉水分子

2、加氢

然后点击“ok”就可以了

3、将该pdb选为受体：

4、 点击确定保存pdbqt文件

 保存后出现该受体的pdbqt文件：

 

就变成这样了

5、然后将该受体删除

 

二、小分子操作（读取-->加氢-->导出为pdbqt-->删除）

0、怎么得到小分子？

注意：这里的小分子建议直接用pymol打开的受体pdb文件，然后选中小分子，复制到新的pdb文件（因为方便后面盒子的设置）

点击小分子

file --> export molrcule-->新的小分子pdb文件（不要导出成其他格式的了）

1、 打开小分子，然后加氢和上面对配体的加氢操作一样

继续回到autodock:

加氢

2、然后将这个小分子选为配体

点击“YES”

3、选择扭转中心

4、设置扭转键

 

 5、导出为pdbqt文件

6、删除小分子

三、设置盒子，然后存储盒子的信息

1、open前面加氢去水的pdbqt受体文件

2、打开小分子

此时你可以使用不同的表示，从而更清楚的看配体和受体，

 这里可以看到，小分子正好在受体的口袋里，这里因为上面我们选择小分子的时候，小分子是直接从受体中选出的

 3、 设置盒子

最简单的操作方式（这样盒子正好在小分子的中心）：

 将盒子罩住蛋白质的活性位点，不需要管是不是罩住了整个蛋白质（这里是个关键，如果你知道这个蛋白质的活性位点、否则你需要用盒子全部罩住这个蛋白质，但是全部罩住可能会导致预测的不准确）：

5、去除小分子

如果前面你使用了pymol将小分子和蛋白质分离开了，刚开始打开的也是不带有小分子的蛋白质，那么可以不用执行这一步

6、选中黄色部分的小分子，然后按住鼠标右键将小分子拖出来

7、将选项勾回去，使小分子留在外面

4、保存文件

5、导出config.TXT文件

注意：每次找一个新的受体的盒子的位置的时候需要重新打开一次软件，否则会导致信息（config）无法正确更新

直接就导出到：E:\AutodockVina了

四、单次docking操作

1）打开蛋白质pdbqt文件

2）打开小分子 

 

3） 设置config文件

选择你设置好的config文件

launch就可以了，在命令行中就出现结果了

注意：

这里你导出的config.txt文件可能和你当时盒子设置的参数不一样（例如盒子的大小），这里你需要打开config文件，然后与你的设置比较，然后换成你在“Autodock toolS”中设置的参数才可以

五、批量：

最后将受体的这一行删除就行，因为我们要做的是批量docking

此时我的config.txt是：

receptor = 5ywy.pdbqt

center_x = -44.249
center_y = -42.537
center_z = -1.145
size_x = 15.0
size_y = 15.0
size_z = 15.0

exhaustiveness = 16
num_modes = 9
seed = 2023

 二、得到smiles（配体）对应的pdbqt + sdf文件（批量）

完整的代码直接看：D:\Pycharm_workspace\gypsum_dl-1.2.0，这里面问我已经写好了很多功能，包括：

smiles2pdb：（smiles2pdb.py）

cd gypsum_dl-1.2.0/

python smiles2pdb_sdf.py --source ligand_smi/image2smiles_validity-Adenosine_A2a_receptor-sample-1k.smi \
--output_folder docking_data/ligand/Adenosine_A2a_receptor/pdb_sdf \
--max_variants_per_compound 1 --add_pdb_output --separate_output_files

三、进行docking

方法一：使用CPU对接（ gypsum_dl-1.2.0）

1）pdb2pdbqt：（docking/pdb2pdbqt.py）

python docking/pdb2pdbqt.py --pdb_file docking_data/EP4_ligand/pdb --pdbqt_file docking_data/EP4_ligand/pdbqt

2）使用Uni-Dock进行受体与配体的对接（批量）

批量对接程序在本地：

D:\Pycharm_workspace\gypsum_dl-1.2.0\docking\docking_affinity_score.py

python docking/docking_affinity_score.py --receptor_file docking_data/receptor/3eml/3eml.pdbqt \
--ligand_dir docking_data/ligand/Adenosine_A2a_receptor/pdbqt --config_file docking_data/receptor/3eml/config.txt \
--out_dir docking_data/docking_results

方法二：使用GPU对接（ autodock）

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https://mapengsen.blog.csdn.net/article/details/129682793

Autodock 分子对接 [2] - 用Autodock Vina / QuickVina2 / QuickVina-W做对接_哔哩哔哩_bilibili