rdkit&python | 挑选多个互变异构体的主要构象

最新推荐文章于 2023-07-14 09:59:52 发布

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分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 | 医疗

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本文探讨了互变异构现象，特别是如何使用RDKit在Python中处理这种动态平衡的官能团异构体。在处理过程中，遇到了RDKit警告，由于达到最大转化数限制，导致在生成303个tautomers后停止。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

互变异构

互变异构，又称为平衡异构现象，不同官能团异构体处于动态平衡，能很快地相互转变，是一种特殊的官能团异构，我们需要统一为相同的smiles
在这里插入图片描述

from rdkit.Chem.MolStandardize import rdMolStandardize
params = rdMolStandardize.CleanupParameters()
params

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RDKit | 基于RDKit进行构象搜索：构型异构体生成和MMFF聚类

DrugAI

03-18

3950

https://future-chem.com/conformer-clustering/

rdkit&openbabel | 保持化学分子的互变异构一致性

ASKCOS博客

08-22

696

可以使用openbabel 将表示相同化合物，不同smiles转化为InChI，然后再转回相同smiles来保持异构一致性 from openbabel import pybel product ="OCC(N=C(O)c1cccc(O)c1O)=C(O)O" pybel.readstring('smi',product).write('smi',opt={'I':None})[:-2] c1cc(c(c(c1)O)O)C(=NC(=C(O)O)CO)O ......

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Rdkit|分子3D构象生成与优化

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07-08

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在这篇文章中，我将展示如何将所有这些结合起来使用 RDKit 进行“广义子结构搜索”。在文章的底部，有几个 Python 函数可以在其他脚本中使用，以使这个过程更容易。我还将尝试找出一种将其纳入未来 RDKit 版本的好方法。举个例子，这里有一个查询：这里有四个使用该查询返回的 ChEMBL 分子：目录：1. 导入相应包和数据2. 定义查询目标3. 链接节点 + 变量附件 + 互变异构体枚举查询示例：加载数据： 2. 定义查询目标

smi2sdf3d：使用rdkit进行3D多样化构象生成

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smi2sdf3d 使用rdkit进行3D多样化构象生成算法和参数来自： @article{DBLP:journals/jcisd/EbejerMD12, author = {Jean{-}Paul Ebejer and Garrett M. Morris and Charlotte M. Deane}, title = {Freely Available Conformer Generation Methods: How Good Are They?}, journal = {Journal of Chemical Information and Modeling}, volume = {52}, number = {5}, pages = {1146--1158}, year = {2012}, url = {https://doi.org/10.1021/ci2004658}, doi = {10.1021/

利用openbabel2.4.1进行小分子构象搜索

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利用open babel产生小分子多重构象的方法有两种：一，使用遗传算法（遗传算法）进行构象搜索，属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer命令可以详细查看conformer插件的使用方法以下命令可以为小分子生成20个小分子构象，然后使用-writeconformers参数将所有的构象写成输出结构文件： obabel ligand.mol2 -O l...

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02-28

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ASKCOS博客

08-21

1390

中和分子 neutralize_atoms给每个原子加减H保持电中性，不考虑整个分子的情况，而Uncharger考虑整个分子的电中性，如果整个分子是电中性的，即使原子带电荷也不会进行处理 from rdkit.Chem.MolStandardize import rdMolStandardize Uncharger= rdMolStandardize.Uncharger() def neutralize_atoms(mol): pattern = Chem.MolFromSmarts("[+1!

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“RDKit | 化学信息学与AI”专栏介绍介绍RDKit相关知识点和运用以及RDKit作为处理化学、生物、药学和材料学科中分子数据作为可输入机器学习和深度学习模型的重要工具应用。内容涵盖了基于RDKit的Python3的分子的读写、化合物的分子指纹和分子描述符计算、化合物的2D/2D比对、化合物相似性搜索、化合物骨架分析和亚结构搜索、RMSD计算与构象生成优化、分子相似图与聚...

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SQL server 2012 安装详解

qq_32609199的博客

11-03

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DrugAI

10-19

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近年来，表达分子的三维特征变得越来越重要。已经提出了许多3D描述符，这次将介绍它们中经常使用的三个，Fsp3，PMI和PBF。 Fsp3是分子复杂性的指标二甲基吡啶及其不饱和化合物二甲基哌啶中可以存在多少种异构体？答案是前者有5种，而后者有34种，包括旋光异构体。由于分子量几乎相同，因此简单地将芳族化合物更改为脂肪族化合物会增加分子的复杂性，并大大扩展了化合物...

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