Amber&parmchk2 | 查找缺失的力场参数

parmchk2

A program that analyzes an input force field library file (mol2 or amber prep), and extracts relevant parameters into an frcmod file
parmchk2程序将会检查力场文件中哪些参数是需要的，并且将这些新的参数输出到一个frcmod的文件中.

parmchk2读取ac/mol2/prepi/prepc文件，原子类型相似性索引文件（默认为$AMBERHOME-/dat/antechamber/PARMCHK.dat）以及力场文件（默认为$AMBERHOME/dat/leap/parm/-gaff.dat）。

它写入一个力场修改（frcmod）文件，其中包含分子所需但力场（*.dat）文件未提供的任何力场参数。有问题的参数（如果有的话）在frcmod文件中用注释“ATTN，need revision”表示，通常给出零值。这可能会导致程序的致命终止，以后使用生成的prmtop文件；

例如，在许多情况下，二面角参数的扭转势垒的周期性的零值将是致命的。对于每种原子类型，原子类型对应文件（ATCOR.DAT）列出了其可替换的通用原子类型。默认情况下，只有缺失的参数被写入frcmod文件。当“-a”开关的值为“Y”时，parmchk2会打印输入分子使用的所有力场参数，无论它们是否已经在parm文件中。该文件可用于准备使用sander进行热力学积分计算所使用的frcmod文件。

与仅检查多个替换以查找缺失的力场参数的parmchk不同，par