Amber&antechamber | 创建小分子力场参数文件

antechamber

创建小分子力场参数文件

A program for parametrizing ligands and other small molecules.

antechamber is the main program to develop force fields for small organic molecules (e.g., drugs, modified amino acids) using a version of the general Amber force field (GAFF). These can be used directly in LEaP, or can serve as a starting point for further parameter development.

这是包中最重要的程序。它可以执行许多文件转换，也可以分配原子电荷和原子类型。根据输入的要求，前厅执行以下程序：sqm（或者，mopac或divcon），atomtype，am1bcc，bondtype，espgen，respgen和prepgen。它通常会生成许多中间文件；这些可以通过他们的名字来识别，其中所有字母都是大写字母。如果您在运行前厅时遇到问题，可能需要运行下面描述的各个程序（以使用选项’-s 2’促进此运行）。

-help print these instructions
-i input file name
-fi input file