Amber&antechamber | 创建小分子力场参数文件

最新推荐文章于 2024-12-07 15:10:20 发布

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分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 | 医疗文章标签： python 开发语言

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antechamber是一款用于小分子力场参数化的程序，尤其适用于药物和修饰氨基酸，它基于Amber的通用力场(GAFF)。该程序可以生成直接在LEaP中使用的力场文件，也可作为进一步参数开发的基础。在使用过程中，antechamber执行多个步骤，包括原子电荷和类型分配，涉及sqm、atomtype等多个子程序。遇到问题时，可以单独运行这些子程序进行调试。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

antechamber

创建小分子力场参数文件

A program for parametrizing ligands and other small molecules.

antechamber is the main program to develop force fields for small organic molecules (e.g., drugs, modified amino acids) using a version of the general Amber force field (GAFF). These can be used directly in LEaP, or can serve as a starting point for further parameter development.

这是包中最重要的程序。它可以执行许多文件转换，也可以分配原子电荷和原子类型。根据输入的要求，前厅执行以下程序：sqm（或者，mopac或divcon），atomtype，am1bcc，bondtype，espgen，respgen和prepgen。它通常会生成许多中间文件；这些可以通过他们的名字来识别，其中所有字母都是大写字母。如果您在运行前厅时遇到问题，可能需要运行下面描述的各个程序（以使用选项’-s