bioconductor包下载笔记和数据的使用

 bioconductor包下载笔记和数据的使用

有一篇文章用到nki这个数据集,想复现一下结果,所以费了半天劲才搞出来数据,过程记录。

1.安装包的代码如下:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")  #安装管理工具包BiocManager
BiocManager::install()  #查看是否安装成功

出现诸如此类的错误,最后换了镜像解决了。安装失败后可以重新打开R再试一次,可能是网速的问题,我是第二次重新打开R后安装上的。 

 上一步确认biomanager安装成功后,就可以安装自己想要的包了。

BiocManager::install("breastCancerNKI") #breastCancerNKI分析支持包

2.安装完成之后,读取包里数据的过程和在R包里是一样的代码:

#加载安装包
library("breastCancerNKI")
#读数据
data("nki")
#导出数据(高维数据导出意义不大,展现不完整,直接分析就好)
write.csv(nki,file = 'F:/programData/Rdatasets/nkigene.csv', fileEncoding = 'utf-8', 
          row.names = FALSE )

附上bioconductor的官方网站,需要的话可以上网站找寻自己想要的内容。http://bioconductor.org/install/

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