新安装R之后，安装生信常用包

#先指定安装路径
.libPaths("C:/R")

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("BiocManager")

# 使用BiocManager安装一些常用的生信包
BiocManager::install("GEOquery") # 用于下载GEO数据
BiocManager::install("AnnotationDbi") # 用于操作生物信息学注释数据库
BiocManager::install("clusterProfiler") # 用于进行功能富集分析
BiocManager::install("limma") # 用于做差异表达分析
BiocManager::install("DESeq2") # 用于做差异表达分析
BiocManager::install("edgeR") # 用于做差异表达分析
BiocManager::install("org.Hs.eg.db") # 用于获取人类基因组数据
BiocManager::install("org.Mm.eg.db") # 用于获取鼠类基因组数据
BiocManager::install("impute") # 用于数据预处理
BiocManager::install("ComplexHeatmap") # 用于生成复杂热图
BiocManager::install("circlize") # 用于生物信息学的圆形图
BiocManager::install("enrichplot") # 用于进行功能富集可视化
BiocManager::install("ggbio") # 用于生物信息学数据的图形可视化
BiocManager::install("SingleCellExperiment") # 用于单细胞数据对象
BiocManager::install("monocle") # 用于单细胞数据分析
BiocManager::install("scater") # 用于单细胞数据分析
BiocManager::install("SummarizedExperiment") # 用于生物信息学数据对象BiocManager::install('affyPLM')
BiocManager::install('RColorBrewer')
BiocManager::install('impute')
BiocManager::install('pheatmap')
BiocManager::install('ggplot2')
BiocManager::install('readxl')
BiocManager::install('openxlsx')
BiocManager::install('rJava')
BiocManager::install('miscTools')
BiocManager::install('ggthemes')
BiocManager::install('dendextend')
BiocManager::install('locfit')

library(devtools)
library(phylogram)
library(gridExtra)
library(grid)
library(dendextend)
library(ggthemes)
library(tidyverse)
library(Seurat)
library(miscTools)
library(dendextend)
library(ggthemes)
library(openxlsx)
library(rJava)
library(xlsxjars)
library(affy)
library(affyPLM)
library(RColorBrewer)
library(impute)
library(limma)
library(pheatmap)
library(ggplot2)

install.packages(“devtools”)

devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')

install.packages(“Seurat”)

install.packages('hdf5r')

install.packages("tidyverse")