JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除

最新推荐文章于 2023-04-21 15:37:35 发布
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JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除

以下是通过学习官方文档，然后总结出的

初始化导入

1.导入FASTA文件

bin/prepare-refseqs.pl --fasta docs/tutorial/data_files/volvox.fa

2.导入GFF注释文件

bin/flatfile-to-json.pl --gff path/to/my.gff3 --trackType CanvasFeatures --trackLabel mygff

FASTA文件的导入 删除

1.FASTA文件的导入

bin/prepare-refseqs.pl --fasta xxxx.fa

（1）分析
根据文档http://gmod.org/wiki/JBrowse_Configuration_Guide#Reference_Sequences
发现初始化测试数据时候bin/prepare-refseqs.pl --fasta docs/tutorial/data_files/volvox.fa（第一步）
在项目目录下生成一个新的目录data，
在这里插入图片描述
进去之后，发现有几个文件，再次进入seq文件夹
在这里插入图片描述
查看refSeqs

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yanyanxiaobaobei
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