Paratope和Epitope

Paratope和Epitope分别指的是抗体结合的区域以及抗原结合的区域(Paratope是抗体的一部分,Epitope是抗原的一部分)。一个抗原分子可能有多个抗原决定簇也就是指多个抗原表位。

关于epitope

抗体识别抗原的时候并不是需要对整个抗原分子进行识别,而是对抗原分子上一些特征部位进行识别,就像是我们认出来一个人,只看脸即可,而不需要把整个人都看一遍才知道是谁。这些特征的部位就是我们的抗原表位(epitope)。一个蛋白可以有多个表位,同时抗体作为蛋白也是一种抗原。
目前有两种类型的表位:连续型表位和非连续型表位,连续型表位是一个连续的线性的氨基酸(就如同只通过看脸就可以找到人)。非连续型的表位则是依赖于蛋白的空间结构的(就好像我们通过一个人的上衣和鞋子判断我们要找的人)。
抗原的类型决定了抗体的类型,一个常规的单克隆抗体一般仅能识别一个表位,但是多克隆抗体可以识别多个表位。
对于蛋白抗原,对于那些能够在PDB数据库中找到序列一致性大于30%或者更高的序列,那么可以采用同源建模的方法进行建模。对于没有同源序列的序列,那么就需要用从头建模的方法,从头建模的方法目前alphafold做的最好(还未用过,现在已有第二代,2021-1-22),不过trRosetta是一个容易实现和方便使用的软件。

关于paratope

paratope指的是抗体上能够识别抗原的区域,也就是我们的CDR区域,因为抗体的结构相对保守(Fv的框架区域保守性较强),因此paratope可以采用同源建模的方法进行建模。

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