gmx solvate命令

命令行功能

该命令的主要功能在于为体系加入水分子
基本命令为
gmx solvate -cp newbox_RIB.gro -o solv_RIB.gro -p topol.top

参数解释

-cp

指定输入的gro文件，该文件是gmx editconf输出的gro文件。

-cs

指定水分子的gro文件，水分子的gro文件默认情况下不用指定，默认的值为spc216.gro

-o

指定输出文件，输出文件为gro格式，其中将会含有大量的水分子
比如这样的

(Abs_Met_Oxydation) [fanxuezhe@fanxuezhe test_gro_pdb]$ tail solv_RIB.gro 
16162SOL     OW51184   7.523   7.793   7.481
16162SOL    HW151185   7.431   7.765   7.452
16162SOL    HW251186   7.554   7.870   7.425
16163SOL     OW51187   7.520   7.614   7.766
16163SOL    HW151188   7.503   7.697   7.712
16163SOL    HW251189   7.610   7.577   7.744
16164SOL     OW51190   7.876   7.872   7.968
16164SOL    HW151191   7.906   7.800   7.906
16164SOL    HW251192   7.837   7.832   8.051
   8.02702   8.02702   8.02702

-p

指定输出的拓扑文件，这里的拓扑文件需要与第一步gmx pdb2gmx命令中输出的top文件名称相同，假如名称不同则会提示错误说找不到。执行命令后原来的top文件会被注释掉，然后再molecule部分加上水分子。
top文件原来是这样的

(Abs_Met_Oxydation) [fanxuezhe@fanxuezhe test_gro_pdb]$ tail \#topol.top.1# 
#include "charmm27.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_L     1
Protein_chain_H     1

加上水之后变成这样

(Abs_Met_Oxydation) [fanxuezhe@fanxuezhe test_gro_pdb]$ tail topol.top 

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_L     1
Protein_chain_H     1
SOL             15937

加完水的图像

将gro文件放在VMD中进行可视化的结果