1.读取nii格式的医学图像,更改内部的矩阵,重新保存成nii数据;
Nifti数据本身是除了 矩阵信息(也就是图像信息之外),还有和物理坐标相关的 仿射矩阵 以及 Header头文件 信息,但是nibabel的获取数据的方法get_data()是一个单向操作,只可以获取数据,并不能把数据直接存到一个现成的nii文件中,并没有诸如nii_img.data = newdata 这样的方法,意味着不能直接对数据进行更改。
原文链接:https://blog.csdn.net/weixin_40006612/article/details/100893162
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Nibabel
'''
import nibabel as nib
import numpy as np
import glob
test_vol_names = glob.glob('../data/LPBA40/label1' + '/*.nii')
for i in range(len(test_vol_names)):
#加载图片
X = nib.load('../data/LPBA40/label1/S'+ str(i) +'.delineation.structure.label.nii')
#把仿射矩阵和头文件都存下来
affine = X.affine.copy()
hdr = X.header.copy()
#取数据
X_data = X.get_data()
#像素归一化
X_data=(X_data-np.min(X_data))/(np.m