Juicebox:Hi-C数据可视化利器

最新推荐文章于 2024-08-25 08:30:22 发布
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Juicebox是一款基于Java的GUI工具，专用于Hi-C数据的可视化。用户可以导入.juice或.url文件，包括内置的ENCODE数据集，通过调整染色体、分辨率、归一化和显示区域来观察Hi-C图谱。此外，工具支持1D和2D注释文件导入，如ChIP-seq和TAD信息，允许自定义颜色配置，并能导出高质量的PDF或SVG图像，提供便捷的Hi-C图谱探索和展示体验。
摘要由CSDN通过智能技术生成

欢迎关注”生信修炼手册”!

Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件，该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具，可以方便的查看和展示Hi-C图谱，从以下链接可以下载该软件

https://github.com/aidenlab/juicebox/wiki/Download

采用javar语言开发的GUI工具，支持多个平台。启动之后的界面如下所示

通过File->open可以导入后缀为hic的文件进行查看，可以导入本地的文件，也可以输入url。软件也内置了ENCODE的数据集，示意如下

双击即可导入，导入之后的界面如下

首先展示的是所有染色体的HI-C图谱，通过工具栏可以选择染色质，调整分辨率，对交互矩阵进行归一化，

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Liunx中AWK的几个用法
zhangyupeng0528的博客
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Liunx中AWK的几个用法： 第一种：使用awk统计某个文件的空行，并打印 ifconfig | awk '/^$/{print NR}' 结果如下： 第二种：使用awk统计某个文件夹下有多少个文件 find /usr/bin -name *.sh | awk 'END{print NR}' 结果如下： 第三种：使用awk截取某个文件夹下面的所有文件名： find /usr/bin -name *.sh | awk -F '/' '{print $NF}' 最后入下图： ...
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07-24
Hi-C 数据分析工具和论文 工具按出版日期排序，最新的排在最前面。 未发布的工具列在每个部分的末尾。 有关请参阅和。 请！ 有关其他数据科学和基因组学相关的说明，请参阅说明。 表中的内容 正常化CNV感知归一化 再现性 AB隔间 循环调用者捕获-C 峰 微分互动差异丰度 TAD 来电者 建筑条纹 差异/时程 TAD 分析 3D特征预测 面向SNP CNV 和结构变异检测 可视化 从头基因组支架 3D建模 解卷积 文件 方法论评论 一般评论 技术 微C 多方互动 正常化 TAD检测 光谱聚类 网址课程 管道 Juicer - Java 完整管道将原始读取转换为 Hi-C 映射，在 Juicebox 中可视化。 调用域、循环、CTCF 绑定站点。 .hic文件格式，用于存储多分辨率 Hi-C 数据。 https://github.com/theaidenlab/juicebox/wi
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weixin_44616693的博客
09-20 1483
结果文件.hic和.assembly是可以手动修改的，使用juicebox软件。手动修改后，再使用3D-DNA软件进行最终基因组序列的获得。官网：https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Download。输入3D-DNA软件的结果文件.hic和.assembly，修改后输出文件是新的.assembly文件。学习视频：B站上，官网上都有。可安装windows版本。拿到最终染色体序列文件。
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