ABSOLUTE评估肿瘤纯度

欢迎关注"生信修炼手册"！

ABSOLUTE是评估肿瘤纯度的常用软件之一，它可以利用肿瘤样本的CNV和SNV等信息，对肿瘤纯度进行估计，该软件采用R语言进行编写。

软件官网如下

http://archive.broadinstitute.org/cancer/cga/absolute

首先需要到官网注册一个账号，登录之后才可以下载到源代码的压缩包。下载好之后，在R里面安装其依赖包和对应的源代码包就可以了，安装过程如下

install.packages("numDeriv")
install.packages("ABSOLUTE_1.0.6.tar.gz")

安装好之后，可以先测试一下。测试数据我是从以下链接下载的

http://software.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/modules/docs/absolute/2#exampledata

在这个网站上还推荐了各种参数的设置，可以参考运行代码如下

RunAbsolute(
 seg.dat.fn = "SNP6_blood_normal.seg.txt", 
 min.ploidy = 0.5, 
 max.ploidy = 8, 
 max.sigma.h = 0.2, 
 platform = "SNP_6.0", 
 copy_num_type =