使用Beagle进行基因型填充

最新推荐文章于 2024-02-23 21:42:35 发布
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Beagle是基因型填充常用的软件之一，最新版本为V5.1, 在准确率和运行速度上都有了很大提升，对应的文章链接如下

https://www.cell.com/ajhg/pdfExtended/S0002-9297(18)30242-8

软件的官网如下

https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html

相比同类软件，该软件有两个显著的优势，第一个就是内存消耗小，第二个运行速度快。对于数据量如此大的reference panel数据，提出了一种新的数据存储格式bref3。文章中比较了不同格式消耗的内存大小，结果如下

可以看到，bref3格式的内存消耗最小。关于运行时间的比较结果如下

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简单做个Beagle
yiweij的博客
11-07 899
beagle做基因定相与填充
你还在为beagle填充烦恼吗？是的，老子头大
最新发布
jinning3825的博客
02-23 461
第一天列计划，第二天开始做，小小beagle能难倒老子吗，一顿操作猛如虎，原来是能的。写好了，注释一写，感觉自己真特么拉，写的都是什么玩意....老子非要写成一个脚本代码，这个脚本也就改了几十遍吧！为啥过不去心理这坎，哦因为老子不想简单一步步完成。不写估计我自己都不记得了！
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Beagle填充之坑ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at
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No genetic map is specified: using 1 cM = 1 Mb ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:47721496 [1] ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:16800804 [2] ERROR: REF field is not a sequence of A,
使用BEAGLE发生错误的解决办法ERROR: invalid ALT allele at 1:3439801 [-] /Linux下统计文件某元素出现的行数/Linux下删除包含某元素的行
小八四爱吃甜食的博客
01-11 1360
在使用BEAGLE5.0版本填补基因型时，遇到这样一个问题： 接着在网上搜索了一下解决办法，在biostar上看到有人遇到了同样的问题，有人建议使用BEAGLE4.0版本，我尝试后仍然没有解决问题。然后多方搜索发现有这样一个帖子： 网址如下：https://ask.csdn.net/questions/4419232 这个问题应该和我的类似，我的vcf文件里面多了“-”符号，而这个帖子里多了“*”。 于是数了一下文件里有多少行“-”： find test.vcf | xargs cat | grep .
基因型填补
hgz2020的博客
03-12 978
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linux桌面搜索工具,Linux_Ubuntu安装桌面搜索工具Beagle，Beagle 是一个强大的桌面搜索工 - phpStudy...
weixin_33894125的博客
05-09 474
Ubuntu安装桌面搜索工具BeagleBeagle 是一个强大的桌面搜索工具，您可以用 Beagle 来搜索您的文档、电子邮件、相片等各种文件。它比 Ubuntu 缺省的搜索工具(位置 -> 搜索)(Places -> Search for files...) 更快，可以搜索更多的文件类型和信息(比如，您的日程表)。See the Beagle project website for...
Beagle Bone的一点硬件资料
03-18
BBB板子的引脚图，PCB图，原理图等，希望对于你的硬件设计有一定帮助
lcd_omap3beagle.zip_beagle
09-20
LINUX系统上TI OMAP3 Beagle LCD面板驱动程序。欢迎大家下载使用！
beagle.zip
09-28
bootstrap 前端框架 UI框架 v1.1.1 漂亮的前端UI框架
在beagle板子上运行RTEMS
07-17
在beaglebone系列板子上跑rtems.在ubuntu系统下编译rtems4.12工具链，然后再编译rtems for arm. bsp 支持beagleboneblack. 这个是rtems4.12,如果要最新的rtems5,请参考:https://blog.csdn.net/bh_binghu/article/details/80132632
Beagle™ USB Protocol Analyzer 协议分析工具
08-01
Beagle™ USB Protocol Analyzer 协议分析工具，配合USB协议分析器使用，本工具包括windows 64位和32位安装程序和驱动。
beagle-ui:使用Beagle的服务器驱动的UI
03-31
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03-29
比格犬后端
Beagle – Responsive Admin Template
07-13
Beagle是一个响应管理模板基于Bootstrap框架,简约的界面设计完美的响应式布局完全可以用作一个手机app。 本源码版本为1.4.2，支持bootstrap4
beagle 480 err
10-18
Beagle 480 ERR是指Beagle 480错误。Beagle 480是一种实时采样逻辑分析仪，可用于分析和调试电子电路。ERR是指错误，可能表示仪器出现了故障或无法正常工作。 当我们在使用Beagle 480时，如果出现了错误，我们首先需要检查仪器的连接是否正确。确保适配器和连接线都已正确连接，并且有稳定的电源供应。如果连接没有问题，可以尝试重新启动仪器，有时候这样就可以解决一些简单的错误。 如果重启后仍然出现Beagle 480 ERR错误，我们可以尝试更新或重新安装软件驱动程序。有时候驱动程序与操作系统不兼容或已经损坏，这可能导致仪器无法正常工作。更新或重新安装驱动程序可以解决这类问题。 如果以上方法都无效，我们可能需要联系Beagle 480的供应商或制造商进行技术支持。他们可能会要求我们提供更多的信息，以便他们能够准确诊断和解决问题。在与他们交流时，提供尽可能详细的情况描述和错误信息，有助于他们更好地理解问题并提供解决方案。 总之，Beagle 480 ERR是指Beagle 480错误，可能由于连接问题、软件驱动程序或硬件故障等原因导致。我们可以尝试检查连接、更新驱动程序或寻求供应商支持来解决问题。

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