Pfam:蛋白质家族数据库简介

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在蛋白质分子中，包含多个结构特异并且功能区里的区域，这些区域称之为domain， domain 可以看做蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。

Pfam是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型，将蛋白质分为不同的家族。网址如下

http://pfam.xfam.org/

在该数据库中，提供了以下2个不同层级蛋白质家族信息。

1. family

每个family以PF编号唯一标识，示意如下

所有的family可以分为以下6种类型

1. Family
   A collection of related protein regions

2. Domain
   A structural unit

3. Repeat
   A short unit which is unstable in isolation but forms a stable structure when multiple copies are present

4. Motifs
   A short unit found outside globular domains

5. Coiled-Coil
   Regions that predominantly contain coiled-coil motifs, regions that typically