本文介绍了PRSice软件在多基因风险评分分析中的应用，包括其工作原理、安装过程、基本用法及参数设置。PRSice通过一系列P值阈值计算PRS值，选择最佳阈值以减少假阳性和假阴性。软件输出多个文件，提供不同阈值的分析结果，可用于选择最佳阈值和评估表型关联。同时，文章提到了软件对协变量校正的支持和关键结果的可视化方式。
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PRSice是最常用的多基因风险评分软件之一，目前最新版本为v2, 官网如下
https://www.prsice.info/
该软件计算样本PRS值的公式如下
计算PRS值时有两个关键点，第一个是SNP位点的筛选，在上述公式中，Pt表示的是GWAS结果中P值的阈值，挑选P值小于该阈值的SNP位点进行PRS的计算；第二个是SNP位点对表型效应的度量，这里用β表示，可以是OR值或者回归系数beta值。
在筛选SNP位点时，单一的阈值不可避免会出现假阳性和假阴性的问题，阈值太小，很多阳性的位点会因为P值不达标被过滤掉， 导致假阴性；阈值太大，很多阴性的位点也会被包括进来，导致假阳性，这些都会对最终的分析结果造成影响。
为了解决这一问题，PRSice使用一系列Pvalue的阈值进行分析，针对不同的阈值计算PRS值，然后根据PRS值和表型关联分析的结果来挑选最佳的阈值。
该软件的安装过程如下
wget https://github.com/choishingwan/PRSice/releases/download/2.2.11/PRSice_linux.nightly.zip
unzip PRSice_linux.nightly.zip解压缩后的文件如下
其中PRSice_linux是该软件的执行脚本，PRSice.R是对执行脚本的封装，TOY开头的是软件自带的数据集，用于测试，其中分为了BASE和TARGET两个部分。
基本用法如下
通过R脚本来调用该软件，dir参数指定R包ggplot2安装的路径，因为结果展示会调用ggplot2进行可视化，如果已经安装了这个包，这个参数可以不要; prsice参数指定可执行文件的路径；base参数指定base data的关联分析结果，target参数指定target data的分型结果，thread参数指定线程数；stat指定base data关联分析结果中的效应值，有OR和BETA两种取值；binary-target参数指定target data中分型结果是否为二分类的表型。
base data关联分析结果的内容示意如下
需要注意的是，软件通过表头来识别对应的信息，上述表头是默认的，比如CHR代表SNP位点所在的染色体，如果你的结果中不叫CHR, 比如是CHROM, 那么需要修改软件的参数，让软件知道代表染色体的列名是什么。
该软件的输出结果有多个文件，示意如下
PRSice.prsice记录了不同阈值下的分析结果，内容示意如下
PRSice.summary记录了最佳阈值的分析结果， 内容示意如下
PRSice.best记录了target data中样本的PRS值，内容示意如下
BARPLOT.png以柱状图的形式展示了不同阈值得到的关联结果对应的R2分布，结果示意如下
HIGH-RES_PLOT.png以折线图的形式展示了不同阈值得到的关联结果对应的P值分布，结果示意如下
P值最小的点对应的就是最佳的阈值，无论是柱状图还是折线图，只需要y轴最大的点对应的横坐标即可。该软件在进行PRS值和表型的关联分析时，还支持协变量的校正，只需要添加cov参数即可，更多用法请参考官方文档。
·end·
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