整理NAD+代谢相关基因

最新推荐文章于 2024-06-27 10:53:21 发布
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本文介绍了如何从KEGG和Reactome数据库获取NAD+代谢相关基因。通过KEGG API获取烟酸和烟酰胺代谢通路的基因列表，再结合Reactome的PathwayBrowser获取烟酸代谢通路的基因，合并去重得到完整集合。了解这些方法对于生物信息学研究和数据分析具有重要意义。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中，提供了NAD+代谢相关基因的集合

6eb55485f0f5ad27866369b1bd2e82a8.png

来自KEGG和Reactome两个数据库，本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法

1. KEGG

在该数据库中，代谢通路hsa00760表示烟酸和烟酰胺代谢通路，链接如下

https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+hsa00760

从该链接可以看到，通路下包含了许多个基因

6668b36ef9c1b9045ae485a87ac080e2.png

通过KEGG API, 可以一次性获取该通路的所有基因列表

http://rest.kegg.jp/get/hsa00760

2. reactome

在该数据库中，R-HSA-196807表示烟酸代谢通路，链接如下

https://reactome.org/content/detail/R-HSA-196807

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【scMetabolism】一站式代谢通路基因集打分
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04-26 2124
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代谢组+基因组联合分析
aganlala的博客
01-21 4559
代谢组+基因组联合分析 简介 代谢组学是定量描述生物内源性代谢物对内外因变化应答规律的科学，能够直接反映生命体的终端和表型信息，近年来在疾病诊断和分型、生物标志物发现、药物研发、基因功能解析、代谢途径及调控机理等领域发挥着重要作用。全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS) 常常用于疾病表型与相关变异位点研究，全基因组关联分析利用全基因组重测序或外显子测序技术获取数以百万计的SNP分子标记，与表型数据进行联合分析，从中筛选出与疾病相关的SNP，发现影响复杂性状的
代谢组学中常见的分析方法
Allenkx的博客
08-22 194
我们知道细胞内的生命活动由众多基因、蛋白质、以及小分子代谢产物来共同承担，而上游的（核酸、蛋白质等）大分子的功能性变化最终会体现于代谢层面，如神经递质的变化、激素调控、受体作用效应、细胞信号释放、能量传递和细胞间通讯等，所以代谢组处于基因调控网络和蛋白质作用网络的下游，所提供的是生物学的终端信息。代谢组学的研究需要高灵敏度、高通量且稳定性好的方法，所以检测平台的选择也是至关重要，今天科学指南针就和大家聊一聊代谢组学和代谢组学的研究检测技术。一般来说，代谢组学关注的对象是分子量在1000以下的小分子化合物。
IF5.6分,哈尔滨医科大学团队生信文章：代谢相关基因预测指标预测预后卵巢癌的免疫治疗反应和候选药物
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06-27 1002
纯生信不好发了？那是你不够卷了。今天喵学姐就带大家看看这篇1月份的生信文章，通过代谢相关基因，用常规分析套路构建预后模型，就发到了一区5分+（共一还是本科生）
文献阅读：NAD+代谢相关基因在肌萎缩侧索硬化症中的预后研究
庐州月光的博客
03-09 441
欢迎关注”生信修炼手册”!文章链接：https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2022.831273/full文章标题Circu...
利用KEGGREST包提取所有代谢相关的基因
arrhythmia08的博客
05-19 2596
KEGG上的基因数量和通路数量都是不断更新的，所以KEGGREST包能提取的基因数量也在不断变化。我去年运行的时候总基因8192个，现在已经有8443个了，以后也会不断增加。KEGG官网上也有少量的代谢通路不以00开头，以01开头。数量太少，且不是重要的通路，所以我省略了。想要提取更全的基因基的朋友可以自己加上。写笔记主要是为了自己进步，也是方便自己查看。R语言新手，如有不对请指正。
零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（二）
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11-04 1119
提取TCGA的肿瘤组织的表达谱，在5.差异基因热图获取的group.txt和heatmap.exp.txt，打开group.txt，数据筛选，删掉N的样本，只有肿瘤组织的样本，另存为group1.txt（只保留第一列的样本名，去掉列名）。差异基因的获取，用excel的筛选工具，对volcan0.txt进行筛选（标准：logFC选择大于1或者小于-1，FDR
2024年中国NAD+抗衰补剂行业研究报告.docx
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- **主要竞争者**：中国市场上的核心厂商包括Chromadex、金达威、基因港、CELFULL、MIRAILAB BIOSCIENCE (Shinkowa Pharmaceutical)等。其中，按收入计算，2023年中国市场前三大厂商占据了较大的市场份额。 - **市场...
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05-30
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双发射荧光银纳米簇可用于生物辅酶NAD + / NADH的灵敏检测
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如何查找“铁代谢”相关的基因？
微生信
02-03 982
铁（iron）是人体必需的微量元素，存在于所有细胞中。除红细胞生成外，铁还参与各种生理和病理过程，例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统（Crielaard等，2017）。 铁缺乏（iron deficiency）是一种常见的营养障碍（缺铁性贫血），影响全球约1/3的人（Stoltzfus等，2001）。铁缺乏将会影响细胞及组织的氧化还原功能，造成人体多方面的功能紊乱。
【干货分享】8大免费的代谢数据库！助力代谢研究！
a13981820402的博客
06-03 3462
代谢组学的飞速发展，尤其是分析技术的进步、样本数量的增加、样本类型的多样化以及多检测平台的联合应用，使代谢组数据在数量和复杂性上急剧增加。这个时候，代谢数据库便应运而生！ 代谢研究数据库是专门存储和提供有关代谢物、代谢途径、代谢相关蛋白质以及代谢组学数据的在线资源。 本文主要介绍以下代谢数据库：
【Reactome 下载所有通路基因集】
weixin_43839173的博客
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Reactome 下载所有通路基因集
生物信息学数据库
悟道西方
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生物信息学数据库分类概览 Meta databases Model organism databases Nucleic acid databases 3.1 DNA databases 3.2 Gene expression databases (mostly microarray data) 3.3 Phenotype databases 3.4 RNA databases Amino ac...
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
weixin_30342827的博客
01-18 3435
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常，因为它们的本质是相通的，都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库，应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别： 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HS...
NAD+初期服用体验
03-07
NAD+（烟酰胺腺嘌呤二核苷酸）是一种被广泛研究的辅酶，被认为对细胞能量代谢和DNA修复具有重要作用。初期服用NAD+的体验因人而异，以下是一些可能的体验： 1. 提高精力和注意力：一些人在服用NAD+后报告感觉更有精力和注意力集中，可能会感到更清醒和警觉。 2. 改善心理状态：有些人表示服用NAD+后心情更好，情绪更稳定，焦虑和抑郁症状减轻。 3. 增强运动表现：NAD+被认为可以提高细胞能量代谢，一些人在服用后报告感觉更有耐力和体力，运动表现可能会有所提升。 4. 改善睡眠质量：一些人在服用NAD+后表示睡眠质量有所改善，更容易入睡并且睡得更深。 需要注意的是，每个人对NAD+的反应可能不同，而且目前关于NAD+的研究还在进行中，尚未得出明确的结论。此外，NAD+的剂量和使用方式也可能影响体验效果。在考虑使用NAD+之前，建议咨询医生或专业人士的意见。
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