Chemical-Reaction-Aware Molecule Representation Learning 阅读笔记

问题一：使用pysmiles对Smiles格式数据的具体处理过程

1. SMILES格式

1.1 在SMILES表达式中，往往会去掉H元素，比如甲烷CH4用SMILES表达式来表达的话就是C；

1.2 双键用=来表示，比如C(=O)=O表示一个二氧化碳；

1.3 三键用#来表示，用法与双键一样；

1.4 主干线不加标记，分支加圆括号，比如上面提到的二氧化碳，第一个O原子不在主分支上，因此加了括号；

1.5 不成键的分子之间用.隔开，比如O.C(=O)=O表示一个水分子和一个二氧化碳分子；

1.6 成环的要打开来写，并在开头和结尾加上断键标记，比如C1CCCCC1表示一个环己烷C6H12，这里的两个1前所对应的碳是相互连接的。

2. SMILES在REACTION中的写法

说明其中每个‘.’分隔两个不同的分子，>>代表化学反应方程式中的等号，上图酯化反应中>>左边代表的是醇分子和酸分子两个分子。

3. 论文中的实际处理

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