服务器的R4.2.1装不上ggpubr包解决办法

问题:服务器版RStudio server安装R包ggpubr,总是提示失败。
install.packages("ggpubr")
BiocManager::install('ggpubr')
devtools::install_github("kassambara/ggpubr")
以上安装方法都不成功,提示:
......
gcc -std=gnu11 -shared -L/opt/R/4.2.1/lib/R/lib -L/usr/local/lib -o Matrix.so Csparse.o abIndex.o attrib.o bind.o chm_common.o cholmod-etc.o coerce.o cs.o cs-etc.o dense.o determinant.o dgCMatrix.o dgeMatrix.o factorizations.o idz.o init.o kappa.o objects.o perm.o products.o solve.o sparse.o sparseVector.o subscript.o utils-R.o utils.o validity.o CHOLMOD.a COLAMD.a AMD.a SuiteSparse_config.a -L/opt/R/4.2.1/lib/R/lib -lRlapack -L/opt/R/4.2.1/lib/R/lib -lRblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/opt/R/4.2.1/lib/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/opt/R/4.2.1/lib/R/share/make/shlib.mk:10: Matrix.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Matrix’
* removing ‘/home/yang_jg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/Matrix’
* installing *source* package ‘SparseM’ ...
** package ‘SparseM’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
......
gcc -std=gnu11 -shared -L/opt/R/4.2.1/lib/R/lib -L/usr/local/lib -o SparseM.so bckslv.o chol.o chol2csr.o cholesky.o csr.o extract.o init.o sparskit.o subscr.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/opt/R/4.2.1/lib/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/opt/R/4.2.1/lib/R/share/make/shlib.mk:10: SparseM.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘SparseM’
* removing ‘/home/yang_jg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/SparseM’
* installing *source* package ‘MatrixModels’ ...
** package ‘MatrixModels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  namespace ‘Matrix’ 1.4-1 is being loaded, but >= 1.6.0 is required
Calls: <Anonymous> ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘MatrixModels’
* removing ‘/home/yang_jg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/MatrixModels’
ERROR: dependencies ‘SparseM’, ‘MatrixModels’ are not available for package ‘quantreg’
* removing ‘/home/yang_jg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/quantreg’
ERROR: dependency ‘quantreg’ is not available for package ‘car’
* removing ‘/home/yang_jg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/car’
ERROR: dependency ‘car’ is not available for package ‘rstatix’
* removing ‘/home/yang_jg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/rstatix’
ERROR: dependency ‘rstatix’ is not available for package ‘ggpubr’
* removing ‘/home/yang_jg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/ggpubr’

解决办法:
服务器启动jupyter notebook ,然后使用R4.0.0新建notebook(新建一个xx.ipynb的文件),在里面安装软件包:
备注:jupyter notebook更新R版本请参考:https://cloud.tencent.com/developer/ask/sof/1539811
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggpubr") #安装ggpubr和其它的依赖包
library(ggpubr)  #可以正常加载ggpubr包

然后在服务器版RStudio server也可以加载ggpubr包。
偶然发现的,经验总结,2023.12.5

安装R语言4.2.1,首先需要更新R语言版本和R版本。更新R语言版本和R版本是为了避免软件安装时出现依赖无法安装的情况。如果依赖过多,可能需要重新下载最新版本的R语言,而不是折腾过老的R版本,因为这没有太多价值。 在Ubuntu系统中更新R语言R4.2.1的步骤如下: 1. 首先,你需要获取R语言4.2.1的更新下载地址。 2. 使用sudo命令下载更新。 3. 接下来,你需要重新下载R。如果只需要更新Bioconductor,可以选择只更新这些。如果需要更新所有,可以选择更新所有。 4. 如果你需要下载Rdevtools,可以进行下载。 5. 最后,对整个过程进行总结。 请注意,具体的操作步骤可能会因系统版本和个人环境的不同而有所变化。建议在安装和更新过程中参考官方文档或相关教程,以确保正确安装和更新R语言4.2.1版本。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* [R4.2.1安装clusterProfiler](https://blog.csdn.net/xq_ing/article/details/126878235)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* *3* [R语言---Ubuntu中R语言更新至R4.2.1和Rdevtools下载](https://blog.csdn.net/cfc424/article/details/127473466)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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