入门级蛋白质结构查看PyMol的使用——PyMol常用命令

直接把命令输入pymol主界面上面的对话框里，就可以实现功能

#导入一个蛋白

 fetch +pdb名称

#导入一个蛋白，把除了蛋白的其他东西都除掉；
背景变白色，并把蛋白变成灰色
reinitialize
fetch 2chb, type=pdb
remove ! polymer.protein
color grey50
bg_color white

#导入一个蛋白，小分子水分子都导入，不同的chain（cbc，color by chain）
标不同颜色，不同的原子标不同颜色，背景变白色
reinitialize
fetch 2chb, type=pdb
util.cbc
util.cnc
bg_color white
remove r. HOH
orient

#选中特定氨基酸（选中D链的Lysine，并命名为lysines）
select lysines, c. D & r. lys

#选中所有水或氨基酸（三个字母缩写）
select r. HOH
select r. lys

#显示键的类型——show+类型，+组别的名称(show是显示，as是替换掉)
show stick, selegly

#选中小分子
select organic

#选二级结构 (h/s/l)
select ss h
select ss h+s

#选中特定的多肽序列
select c. D & pepseq TEAK
select pepseq TEAK

#找距离(hbsc hydrogen bond side chain)
dist hbsc, organic, sc, mode=2
dist hbbb, organic, bb, mode=2
color black, hbsc
color magenta, hbbb
hide label

#上传多个pdb结构，空格隔开
fetch a b c d

#图像处理变得更卡通, 把0往上升，一般2就已经变得相对卡通了
set ray_trace_mode, 0

#把几个结构放在一起呈现在对话框
set grid_mode

#找亲疏水区域
select hydrophobes, (r. ala+gly+val+ile+leu+phe+met)