pymol中如何查看蛋白有几条链,以及如何拆分成多条链,或者合并成一条链

文章介绍了如何在PyMOL中通过`alterchain`命令合并(A和B链)和拆分(resi1-244到链B)分子链,以及在残基编号不连续时如何手动选择并命名部分进行操作。

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print(cmd.get_chains())  #查看有几条链

显示结果: PyMOL>print(cmd.get_chains())
                   ['A', 'B']  

alter chain A or chain B,chain="A"   #合并成一条链ChainA
alter chain A and resi 1-244,chain="B"  #拆分链,把残基1-244号拆成链B

然后可以再Print一下看看链的条数正不正确,有没有成功

显示结果:PyMOL>alter chain A and resi 1-244,chain="B"
                  Alter: modified 4418 atoms.
                  PyMOL>print(cmd.get_chains())
                  ['A', 'B']

但是上述情况只适用于pymol中残基编号正确递增了的情况,如果不正确递增,可以手动在sequence里选中自己想分开的部分,在sele里命名好(比如lig),然后用下面的命令
alter chain A and lig,chain="B",然后

alter chain A and lig,chain="B"  #将lig拆成单独的链B

显示结果:PyMOL>set_name selelig,lig

                  PyMOL>alter chain A and lig,chain="B"
                  Alter: modified 2340 atoms.

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