print(cmd.get_chains()) #查看有几条链
显示结果: PyMOL>print(cmd.get_chains())
['A', 'B']
alter chain A or chain B,chain="A" #合并成一条链ChainA
alter chain A and resi 1-244,chain="B" #拆分链,把残基1-244号拆成链B
然后可以再Print一下看看链的条数正不正确,有没有成功
显示结果:PyMOL>alter chain A and resi 1-244,chain="B"
Alter: modified 4418 atoms.
PyMOL>print(cmd.get_chains())
['A', 'B']
但是上述情况只适用于pymol中残基编号正确递增了的情况,如果不正确递增,可以手动在sequence里选中自己想分开的部分,在sele里命名好(比如lig),然后用下面的命令
alter chain A and lig,chain="B",然后
alter chain A and lig,chain="B" #将lig拆成单独的链B
显示结果:PyMOL>set_name selelig,lig
PyMOL>alter chain A and lig,chain="B"
Alter: modified 2340 atoms.