Imagej/Fiji编写Python脚本（Jython & ImageJ）

最新推荐文章于 2025-03-03 22:06:09 发布

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前言

Imagej是生物和光学显微成像领域的一款非常实用，强大的软件。但是其GUI的界面往往不利于对批量的图像进行操作，FIJI可以通过Jython编写脚本，来实现.py文件的运行。

由于python执行速度较慢，imagej基于java编写而成，运行速度快，因此一些imagej里的操作可以通过编写python脚本的方式来代替python的算法，从而加快运行速度

读取图像

from ij import IJ, ImagePlus  

# read a image   
imp = IJ.getImage()
# get its ImageProcessor 
ip = imp.getProcessor()

操作

找到使用某一个函数对应的Java类

比如说，我想使用ImageJ对一幅图像进行高斯滤波，先打开Plugins -- Utilities -- Find Commands..，
在这里插入图片描述
在search一栏中搜索gauss

可以知道Gaussian Blur...对应的Java类 ij.plugin.filter.GaussianBlur

from ij.plugin.filter import GaussianBlur

对一个函数，如何知道需要输入那些参数？

1、通过ImageJ宏命令的记录, 来确定需要函数需要什么输入

在这里插入图片描述
然后再FIJI里找到你想使用的函数：

这样就会记录下你刚才点击的函数所对应的imagej宏操作

2、查找ImageJ官方文档, 来确定需要函数需要什么输入

imagej 的API的查询

https://imagej.net/developer/api/

GaussianBlur函数调用的参数的查询

https://imagej.net/developer/api/ij/plugin/filter/GaussianBlur.html
在这里插入图片描述
可以找到该类下面所对应的方法：

保存

from ij.io import FileSaver
# save picture
fs = FileSaver(imp)

folder = "E:\\Desktop\\pictures\\"
filepath = folder + "\\" + "galaxy256_blur.tif"   
fs.saveAsTiff(filepath)

code

from ij import IJ, ImagePlus       
from ij.plugin.filter import GaussianBlur
from ij.process import FloatProcessor   
from ij.io import FileSaver
 
# read a image   
imp = IJ.getImage()
# get its ImageProcessor 
ip = imp.getProcessor() 
GaussianBlur().blurGaussian(ip,2)
# show results  
imp = ImagePlus( "galaxy256_blur", ip) 
imp.show()

# save picture
fs = FileSaver(imp)

folder = "E:\\Desktop\\pictures\\"
filepath = folder + "\\" + "galaxy256_blur.tif"   
fs.saveAsTiff(filepath)