在Python中调用imageJ开发

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Python + imageJ 解决方案，采坑记录

一、在ImageJ中，进行Python开发

原生ImageJ仅支持JS脚本（JAVAScript），而ImageJ的衍生版本Fiji支持Python脚本编程，所以这里的ImageJ实际是Fiji。

• 第一步：Fiji官网下载（免费）：https://fiji.sc/
• 第二步：安装Fiji
• 第三步：打开Fiji
• 第四步：ImageJ的Python脚本编程

二、在Python中，调用imageJ开发

2.1、简介

PyImageJ：ImageJ2 的 Python 包装器。

• 功能：提供了一组包装函数用于ImageJ2 和 Python 之间的集成。它还支持原始的ImageJ API 和数据结构。
• 优点：将 ImageJ 和 ImageJ2 与 Python 软件生态系统中提供的其他工具结合起来，包括 NumPy、SciPy、scikit-image、CellProfiler、OpenCV、ITK等等。

2.2、环境配置

• 安装 PyImageJ: Python wrapper for ImageJ2
  步骤1：pip install imagej
  步骤2：pip install pyimagej
  步骤3：pip install Maven（暂时不需要）

• Java环境配置

异常提示：JVMNotFoundException: No JVM shared library file (jvm.dll) found.
中文翻译：在系统中找不到Java虚拟机 (JVM) 的共享库文件。
解决方案：设置JAVA_HOME环境变量，该变量指向Java安装目录。

• （1）安装Java： Oracle JDK 官网下载，选择并下载适用于电脑的JDK版本。双击开始安装，并按照提示完成。
• （2）设置环境变量：JDK8.0 环境变量的配置教程
• （3）重启Python环境：设置环境变量之后，重新启动你的 Python 环境，以确保更改生效。
• （4）在命令提示符中，执行命令：检查 Java 安装版本：java -version、检查 Java 安装路径：echo %JAVA_HOME%

• 异常提示：[ERROR] Cannot create plugin: org.scijava.plugins.scripting.javascript.JavaScriptScriptLanguage
• 原因分析：在初始化 ImageJ 时无法加载 JavaScript 脚本语言插件。通常是由于 JavaScript 插件未安装或配置不正确导致的。
• 解决方案：打开 ImageJ，选择 Help > Update…

2.3、测试一

import os
import imagej

# 设置 JAVA_HOME 路径
os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Program Files\Java\jdk-22'
os.environ['PATH'] = os.environ['JAVA_HOME'] + r'\bin' + os.pathsep + os.environ['PATH']
#########################################################################################
# Create an ImageJ2 gateway with the newest available version of ImageJ2.
ij = imagej.init()

# Load an image.
image_url = 'https://imagej.net/images/clown.jpg'
jimage = ij.io().open(image_url)

# Convert the image from ImageJ2 to xarray, a package that adds
# labeled datasets to numpy (http://xarray.pydata.org/en/stable/).
image = ij.py.from_java(jimage)

# Display the image (backed by matplotlib).
ij.py.show(image, cmap='gray')

2.4、测试二

写法一：

import os
import imagej

# 设置 JAVA_HOME 路径
os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Program Files\Java\jdk-22'
os.environ['PATH'] = os.environ['JAVA_HOME'] + r'\bin' + os.pathsep + os.environ['PATH']
#########################################################################################
# 初始化 ImageJ，指定 mode 参数为 "IJ"（标准模式），或 "interactive" 或 "batch" 根据需要选择
ij = imagej.init(mode='interactive')  # 可以改为 'batch' 或 'interactive' 根据需要

# 使用三重引号的字符串定义宏代码，以提高可读性
macro_code = """
    open("F:/py/image.tif");
    selectImage("image.tif");
    run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
    setOption("ScaleConversions", true);
    run("8-bit");
    saveAs("Tiff", "F:/py/image8.tif");
"""
# selectImage表示选择已打开图像

# 运行宏
ij.py.run_macro(macro_code)

写法二：

import os
import imagej

# 设置 JAVA_HOME 路径
os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Program Files\Java\jdk-22'
os.environ['PATH'] = os.environ['JAVA_HOME'] + r'\bin' + os.pathsep + os.environ['PATH']
#########################################################################################
# 初始化 ImageJ，指定 mode 参数为 "IJ"（标准模式），或 "interactive" 或 "batch" 根据需要选择
ij = imagej.init()  # 初始化ImageJ

input_downsample = r"F:/py/image.tif"
output_downsample = r"F:/py/image8.tif"
file_name = os.path.basename(input_downsample)

# 使用三重引号的字符串定义宏代码，以提高可读性
macro_code = f"""
    open("{input_downsample}");
    selectImage("{file_name}");
    //run("Brightness/Contrast...");
    run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
    setOption("ScaleConversions", true);
    run("8-bit");
    saveAs("Tiff", "{output_downsample}");
"""
ij.py.run_macro(macro_code)  # 运行宏