（13）共线性比对相关（感谢zyr师姐大大！！！）

#输入文件：

1）待比对的全基因组文件(屏蔽了重复序列的)

2）参考物种的gff格式文件（gene transfer format）,用来对基因组进行注释

#一定要注意！基因组文件里面的scaffold和gff3的命名要一致，这样才能切基因，做下游！！！
####再次注意！！！做基因预测的时候字符不能大于16，所以还是拿scaffold_XX，去预测，然后注意基因组文件和gff3的对应！！！

后期有空再出师姐的代码解读工作

一、准备工作

mkdir 0828bidui #在~/Qxy/knowngenome/gongxianxing目录下
首先需要保证24个基因组＋1个外群都已经做了重复序列分析，有Repeat_result，然后对其中的软屏蔽基因组文件进行改名，基因组序列前面加上物种名，然后后缀都改成*_genomic.fna统一格式

返回到脚本目录下修改脚本
vim changename.sh #在~/Qxy/qxyjiaoben文件夹下更改shell脚本，改对了用于更改文件中序列名

返回到repeat_result文件夹下去修改基因组序列名字
sh ~/Qxy/qxyjiaoben/changename.sh
mv *_genomic.fna ~/Qxy/knowngenome/gongxianxing/0828bidui/

二、开始运行比对切得基因拿到四倍简并位点

2.1跑lastZ

补充比对小知识：一般来说，重测序数据比对多采用BWA和Bowtie2;
不同物种间基因组（不同物种的参考基因组）的比对常用共线性比对，如LastZ，此外还有Last

python3 querysplit_test.py ref_genomic.fna query_genomic.fna absolute_path_of_genom_file_directory(/ifs1/User/wuqi/...)
输入参数：1）python脚本 2）参考基因组 3）待比对基因组 4）工作目录的绝对路径
！！！注意啊大姐！！！这里输入的参数是要做共线性比对的参考基因组，而不是所有基因组，换言之就是想让其他的都跟XX比，就选XX做参考基因组 so南极石耳是参考基因组，其他的是待比对的，包括外群！

!!!parafly批量运行!!!
vim parafly.txt
文件内每一行写入这样一条命令 
python3 /ifs1/User/wuqi/Qxy/qxyjiaoben/fromzyr/querysplit_test.py Umbilicaria_antarctica_genomic.fna Hypoc