makefile流程搭建学习——一个生信小流程搭建Fasta_stat

makefile流程搭建学习——一个生信小流程搭建Fasta_stat

建议有些Makefile文件编辑，python和perl知识，方便后面理解
这里可能和我前面设计的Fasta_stat的目录有点出入，但是基本功能实现，其他的就先这样吧。

1. Fasta_stat

确定目标
输入文件：test.fa。完成三个目标：cutadapt（去除adapt序列），gc.py（统计GC含量），length.pl（统计序列长度）
输出文件：test_clean.fa，gc和length文件
设计目录

这里提到的cutadapt安装和基本使用，gc,py，stat.pl，run.ini，Fasta_stat_run.py以及测试数据及结果，下面都有举例，大家可以预览，然后自行完成，若需要源代码请私信我奥~

2. 安装cutadapt，并测试，可以正确运行

** 对test.fa进行adapt去除，得到test_clean.fa **

** 这里我是想直接在shell脚本中进行conda虚拟环境cutadapt的激活和使用**

3. 准备gc.py和stat.pl，并测试，可以正确运行

现在，已经将三个任务都完成了，现在就可以完成Makefile的撰写

4. 撰写run.ini文件，Makefile配置文件

5. 撰写Fasta_stat_run.py，自动化生成Makefile文件和run.sh

#执行Fasta_stat_run.py
/usr/bin/python3 /home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/Fasta_stat_run.py -i /home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/test/test.fa -o /home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/test -ca '-g AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA'
#输入：fasta文件绝对路径，输出目录全路径，以及cutadapt的参数
#输出：在输出目录下生成新的目录/home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/test/Fasta_stat_test/，并在该目录下生成两个文件Makefile和run.sh
#执行/bin/bash run.sh或者nohup /bin/bash ./run.sh 2>&1 &
#你也会在/home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/db/目录下发现test.txt的生成，包括一些信息

zhaohuiyao@lenovo-ThinkStation-P920:~/test/makefile/Fasta_stat/db$ cat ./test.txt
This is cutadapt 1.18 with Python 3.7.13
Command line parameters: -g AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA /home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/test/test.fa -o /home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/test/Fasta_stat_test/test_clean.fa
Processing reads on 1 core in single-end mode ...
Finished in 0.00 s (332 us/read; 0.18 M reads/minute).

=== Summary ===

Total reads processed:                       4
Reads with adapters:                         3 (75.0%)
Reads written (passing filters):             4 (100.0%)

Total basepairs processed:           600 bp
Total written (filtered):            501 bp (83.5%)

=== Adapter 1 ===

Sequence: AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA; Type: regular 5'; Length: 33; Trimmed: 3 times.

No. of allowed errors:
0-9 bp: 0; 10-19 bp: 1; 20-29 bp: 2; 30-33 bp: 3

Overview of removed sequences
length	count	expect	max.err	error counts
27	1	0.0	2	1
33	1	0.0	3	1
39	1	0.0	3	1

fasta file:  /home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/test/Fasta_stat_test/test_clean.fa
2022-05-05 21:24:39 - gc.py - INFO - /home/zhaohuiyao/test/makefile/Fasta_stat/test/Fasta_stat_test/test_clean.fa is exists
GC_content  0.3313373253493014
Total_read:	4
Total_length:	501
end on 2022年 05月 05日 星期四 21:24:39 CST

以上就是该Fasta_stat的自动化流程的一个小项目，但是主要是学会用Makefile写流程，后面就是对生成不同项目的Makefile，是填充式的，若有问题或代码，请私信我。

以后我会再接再厉，和大家共同进步。加油！！！