【学习笔记】山东大学生物信息学——Perl 语言基础入门+高级

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已于 2022-06-13 21:45:26 修改

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分类专栏：生物信息学文章标签： perl 学习正则表达式

于 2022-06-13 21:30:17 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/125267918

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8.3 Perl 语言基础入门

详见视频：Perl 语言基础入门-01 P137

● Perl：Practical Extraction and Report Language 官网免费下载 （网不好可能打不开），支持多操作系统

直译语言：Interpreted Language
序列处理：特别适合字符串（序列）处理
文件处理：方便简洁的文件写入与写出
模式匹配：全面支持正则表达式

8.3.1 第一个 Perl

创建一个文本文件，命名为 test.pl
第一行写 Perl 执行环境（安装路径）
linux 写：#!/usr/bin/perl
Windows 写：#!C:/Strawberry/perl/bin/perl.exe
第二行写一个简单的语句，比如：print "He1lo world!";
保存 test.pl，打开 cmd 命令窗口。
切换到 test.pl 所在目录。cd Desktop
执行 perl test.pl 命令，运行你的第一个程序。

8.3.2 Perl 的基本规则

在这里插入图片描述

每条语句后面必须有";"。
注释前面加"#"，只对单行有效。
变量的定义极其简单随便：
◆ 不用提前声明变量，随用随定义；
◆ 不用定义变量类型，赋值后程序会自动判断；
◆ 变量名区分大小写，以字母开头，不能有特殊字符；
◆ 变量名前面加"$“，用”="赋值。$scalar = expression

● 各种引号的使用：

单引号'' 完全直白的翻译引号里的全部内容。
双引号"" 可以识别引号里的变量和反义字符。
反引号``将引号里的内容当成命令来执行。

● 各种操作符的使用：

比较操作符 Comparison Operators：
针对字符串的比较操作符和针对数字的比较操作符是不一样的！
◆ 数字比字母小！
◆ 大写字母比小写字母小！
◆ 由小到大：数字 [0-9]、大写字母 [A-Z]、小写字母 [a-z]
逻辑操作符 Logical Operators：
可以直接写：or, and, not
也可以用符号代替：||, &&, !
特殊逻辑操作符：xor 异或
△ a xor b = (a' and b) or (a and b') (a’ = not a)
如果 a、b 两个值不相同，则异或结果为 1。如果 a、b 两个值相同，异或结果为 0。

字符串操作符 String Operators：
. 字符串拼接相连
x 字符串重复复制
.= 字符串拼接相连后赋值

$string1 = "potato";
$string2 = "head";
$string3 = $string1 . $string2;	#patatohead
$string4 = $string1 x 2;		#patato
$string1 .= $string2; 			#string1 = patatohead

8.3.3 字符串常用函数

Perl 有许多提前定义好的函数：函数名 ( 参数 1, 参数 2,... 参数 n)
注意：
参数间的逗号是必不可少的
括起参数的括号则是可有可无的

length 函数：
语法：length($string);
说明：求出字符串$string 的字节值（长度）。

$string="Per15";
$size=length($string); #这时 $size=5

#计算一条氨基酸序列的长度
$seq="GHMGSSVLEELVQLVKDKNIDISIKYDPRKDSEVEANRVITDDIELLKKILAYFLPEDAILKGGHYDNQLQNGIKRVKEFLESSPNTQWELRAFMAVMHFSLTADRIDDDILKVIVDSMNHHGDARSKLREELAELTAE";
$len=length($seq);
print "The protein contains $len amino acids.";

substr 函数：
语法：substr($string, offset, 1ength);
说明：截取字符串$string 的子字符串。
★ 注意：第一位是 0，不是 1。
offset 代表起始字符的位置，而 offset 如果是负值的话，就会从字符串右边开始指定字符。
length 代表引用的字符串长度，如果省略 length 则代表从起始值到字符串的最后一个字符长度。
在这里插入图片描述

$s1=substr("perl5",2,2);   	#$s="rl" 从第二个字符串后开始截取 2 个字符串
$s2=substr("perl5",1);   	#$s="erl5" 从第一个字符串后开始截取剩余字符串
$s3=substr("perl5",-5,3);    #$s="per" 从倒数第五个字符串开始截取 3 个字符串

#提取出蛋白质序列的功能区，功能区位于第 12 个氨基酸到第 23 个氨基酸。
$seq="GHMGSSVLEELVQLVKDKNIDISIKYDPRKDSEVEANRVITDDIELLKKILAYFLPEDALKGGHYDNQLQNGIKRVKEFLESSPNTQWELRAFMAVMHFSLTADRIDDDILKVIVDSMNHHGDARSKLREELAELTAE";
$begin=11;
$end=22;
$length=$end-$begin+1; 
$region=substr($seq, $begin, $length)