《生物信息专业都学些什么编程语言？》读后感

哀家毕业论文就是做的生物信息方向，《150株酸菜乳酸菌的菌种类型分析》，NCBI，真是怀念啊~~

 生物信息学,离不开大规模的数据处理,因此很多只能是通过计算机来实现.另一方面,生物信息学的数据和其他的计算机处理的数据也没有多大的特殊性,因此理论上来讲几乎所有的编程语言都可以用于生物信息的数据处理,但是效率却很不一样.

  就目前来说,在生物信息学中常用的语言有c,c++,python,perl,java,matlab,r/bioconductor,SAS,SPSS（这几个主要用于统计),等.

  其中python和perl属于脚本语言,并且现在都有生物学上的扩展,如python有biopython,perl有bioperl,由于perl出现的比较早,因此其在bioperl可能是老一辈的生物信息学家或者甚至是有些生物学家常用的语言.但是,另一方面,我们也要看到python也很快的提供了许多生物学上的便利,并且一步步显示出其优势

 java,在生物信息学上的应用是很广的,从数据处理,到界面程序的设计,然后到网页界面的交互,无一不体现出其优势,我们可以看到很多生物信息学的门户网站在3d结构的显示都是以java插件的形式存在的.但是,java的广泛应用,也存在着很大的缺陷,速度慢,体积大等缺点也让很多人望而却步.

INSD,国际核酸序列数据库

EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库

GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库