Ubuntu对RNA-seq测序数据进行处理

最新推荐文章于 2024-03-24 19:48:27 发布
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分类专栏： 笔记 文章标签： 大数据 ubuntu
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本文记录了一位大数据新手在Ubuntu系统中处理RNA-seq测序数据的过程，包括遇到的环境配置问题、软件安装错误、文件下载及解压问题、比对速度慢及比对花屏的解决方案，最终成功完成基因表达水平分析。强调了处理大数据时硬件性能的重要性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

大数据处理新手，第一次尝试进行数据处理。
之前没有用过Linux，参照Win10系统上直接使用linux子系统教程（仅需五步！超简单，快速上手）这篇文章进行了Windows terminal和Ubuntu的安装，非常方便。

简单记录一下这次遇到的一些问题和解决方法

（1）创建小环境报错，按之前的解决办法尝试修改.condarc,再次报错：CondaHTTPError
怀疑是因为小环境重名，尝试重新命名小环境为srna
等待过程中检查上次报错信息发现：HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.网络连接问题是间断出现的，可以继续重新尝试创建小环境。

改用conda create -n rna python=3后成功创建小环境并安装python3

**（2）安装软件报错：**网络问题。感觉是玄学，多试几次。
删了一个报错的channel，加了一个中科大的channel。还是玄学，时行时不行的，随缘吧。
参考链接：
【1】增加中科大channel
【2】remove命令和show命令的使用（场景conda删除channel &

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