RNA-seq——上游分析练习2（数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts）

写在前面——本文是转录组上游分析的实战练习。主要包含四个步骤：

1. 数据下载（包括sra数据、参考基因组、参考基因组注释文件）
2. 质控过滤（使用trim-galore进行质控，使用fastqc、multiqc进行质量检测）
3. 序列比对（hisat2）
4. featureCounts定量

软件安装

详细步骤见
RNA-seq——一、Linux软件安装

安装配置conda

wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc

conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda安装软件

conda create -n rna python=3.8
conda activate rna

conda install fastqc
conda install multiqc
conda install trim-galore
conda install hisat2
conda install samtools
conda install subread

新建文件夹

00ref：存放参考基因组及注释文件
01raw_data：存放原始数据
02clean_data：存放清洗之后的数据
03align_data：存放比对后的文件
04matrix：存放reads计数文件

文件结构清晰，让人赏心悦目~

注：练习时注意当前所在位置，要在正确的文件夹中进行正确的操作。

一、下载数据

conda install sra-tools
conda update sra-tools

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