FreeSurfer 第三弹（预处理结果以及freeview可视化初步）

FreeSurfer 第三弹（预处理结果以及freeview可视化初步）

跑过recon重建之后，结果就放在以下两个文件夹（demo1、demo2）
fsaverage文件是freesurfer用的标准空间

demo1-scripts文件夹下：
-recon-all.log日志文件：可以打开看文档最下面的运行结果，检查看程序运行上是否报错。
-gtmse.mgz.log:皮质下结构分割的
-pctsurfcon.log: 皮层灰白质分离
常用的数据在文件夹:
-label
-mri
-surf

1. label文件夹中：
   后缀为.catb:颜色表格，用来给.annot上色的
   .label是每一个annot中具体的分割块
   分的粗点就选DKT,分的细点就选2009的
   

2. surf文件夹下：
   lh.pial：lh表示左脑，表示该病人根据其软脑膜勾勒出来的脑皮层模型
   lh.white：根据灰白质的交接绘制出来的
   lh.inflated：是将脑吹膨胀之后所得到的脑模板信息
   lh.area：左脑面积
   lh.area.fsaverage.mgh：灰质平均层所代表的面积
   lh.area.fwhm0：平滑
   lh.area.pial：软脑膜层
   lh.curv：曲度
   lh.sulc：沟的宽度
   lh.thickness：皮层厚度
   lh.volume：皮层体积

   rh表示右脑

在终端中输入freeview，打开图形用户界面

3. mri文件夹下：
   后缀为.mgz的文件就是mri文件，相当于nii。
   aparc.a2009+aseg.mgz：aparc是皮层的分割，a2009是其中的一种模板，aseg是对皮质下结构的一种分割。

所有的模型信息都必须放在.fsgd后缀的文件中