Freesurfer安装使用+可视化

1. FreeSurfer的安装
   FreeSurfer只能在linux系统中进行安装
   安装在自己的虚拟环境里面即可：
   （1）将压缩包放在/home/*/application/里面（自己建的）
   （2）运行命令 解压压缩包 当前路径：sudo tar -zxvf freesurfer安装包文件名
   （3）改变freesurfer的文件权限：sudo chmod -R 777 ./freesurfer
   （4）配置全局环境变量：sudo gedit /etc/profile
   export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
   （5）配置当前用户环境变量：sudo gedit /etc/bash.bashrc
   export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
   source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

export FREESURFER_HOME=/home/lxw/Freesurfer/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

（6）将注册的license文件复制/application/freesurfer/
sudo cp /home/tj/application/license.txt /home/tj/application/freesurfer
（7）分别输入：
分别输入帮助指令：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help没有报错的话 就说明基本安装成功了。
（8）输入如下指令（ Perform a full recon-all on a pre-existing subject folder），验证是否成功
recon-all -s bert -autorecon1
等一段时间，出现“recon-all -s bert finished without error at Sat Oct 11 10:07:49 CST 2014 done”

2. FreeSuefer做可视化
输入freeview(推荐连接服务器的工具是Xshell,Xftp和可视化软件Xmanager)
Xmanager就出现一个图形界面
1）加载表面文件(lh.pail/lh.inflated等等)
Loadsurface----lh.inflated----就可看见膨胀脑（关于更加详细的步骤，推荐B站的‘七彩神经’，他可棒了）
label文件可视化：load surface---- rh.pial-----annotation这一栏—想要看到的annotation的（load annotation）—annoatation所带的label信息在view栏（可能版本问题，有些没有）