RNAseq
hachi_dl
这个作者很懒,什么都没留下…
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常规转录组上游分析
单细胞转录组上游分析文章目录单细胞转录组上游分析一、下载数据(以GSE111229为例)二、安装软件三、质控和过滤四、比对五、计算表达量六、差异表达分析(使用R)代码参考链接:https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67一、下载数据(以GSE111229为例)点击SRA链接smartseq2是一个细胞一个数据下载链接wkd= 工作目录s...原创 2020-01-15 19:07:52 · 3071 阅读 · 0 评论 -
RNA-Seq丰度计算方法
RNA-seq丰度计算方法一、测序bias二、定量方法三、丰度计算方法1. reads Count2. RPKM/FPKM3. RPM/CPM4. TPM四、区别参考链接:https://www.jianshu.com/p/c25e84383ae3一、测序bias长度: 相同表达丰度的转录本,往往会由于其基因长度上的差异,导致测序获得的Read(Fregment)数不同。总的来说,越长的...原创 2019-12-13 10:21:39 · 8531 阅读 · 0 评论