《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》中文分享（13）

​《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》

本人能力有限，如果错误欢迎批评指正。

第三章：Proteins Have Stable Equilibrium Conformations

             （蛋白质具有稳定的平衡构想）

了解蛋白质的一些性质需要我们考虑到一些非天然构象可以具有不同的辐射和不同的自由能。非天然构象是构象的集合。

-一个非天然状态（变性状态）是构象的一个分布

在这个部分，我们可以从三个角度来理解蛋白质的变性状态。首先，一个非天然构象是微观状态的广泛分布。其次，在不同的非天然环境中，非天然状态分布的平均大小会改变。第三，位于受限的空间的非天然链的性质与非受限空间中的不同。

我们先了解一下非天然蛋白质不同的端对端距离r的分布。若将一个非天然的构象建模为随机运动的聚合物链(random-flight polymer chain)，其自由能则为：

其中，r0=Nb2为一个随机运动的或者是自由组合长度为b的N个链的平均端对端距离。公式的第二项是弹性能量，这个是橡皮筋中收缩力的基础，它的出现是因为自由组合的链的端对端距离符合关于r0的高斯分布：

根据公式3.24，随机运动的聚合物链类似于符合胡克定律的弹簧，其中自由能与端到端距离r有平方定律的关系。

公式3.23第三项则说明了根据基于Flory近似（Flory approximation）的非局部溶剂调节的相互作用，链要么喜欢扩大要么喜欢紧凑的情况。如果分子内的相互作用是有利的，那么链会趋向于折叠。如果溶剂之间的相互作用更为有利的时候，链则会形成展开的构象。v是一条链上的氨基酸组成，而Nv/r3为氨基酸所占据的空间体积分数或者是给定氨基酸残基的邻近可能性。乘以N得到每个氨基酸残基的残基接触期望数。a则是一对氨基酸残基之间的相互作用能。当a<0时，氨基酸之间会相互吸引导致第三项会趋向于链折叠。当a>0时，氨基酸与溶液分子的作用更为活跃因此会导致链的展开。

此外，不同蛋白质会具有不同的非天然构象半径Rd，而这取决于蛋白质链上的氨基酸的个数N。利用公式3.32根据能量最低定律我们可以计算出非天然状态的可能半径：

即可以导出：

然后可以得到：

这个公式表明了 rD ∼ N3/5.与实验的十分吻合。图3.19展示了28个不同蛋白质的数据，证明了rD ∼ N0.598。

图3.19 变性蛋白的平均半径随链长的增加而增大。用小角度x射线散射[9]测定了化学变性、无交联和无辅基蛋白和肽的旋转半径（从质心测量的半径）。Rg，变性蛋白的平均端到端距离，与链中氨基酸的数量N相关，为rD∼N0.598。这与Flory预测的聚合物在良好溶剂Rg∼N3/5中的关系一致。

这种3/5倍的力依赖性的重要性是什么？经典聚合物理论提出聚合物分子半径与链长度的三种不同机制：1/3的指数意味着链折叠的溶剂条件（称为Flory贫溶剂）；(2)1/2的指数意味着，链构象遵循理想的随机运动，且链内吸引与体积排斥相互平衡的溶剂条件（称为Flory theta溶剂）。(3)3/5的指数，正如我们在这里所看到的，意味着，链膨胀的排除体积排斥力大于分子内吸引的溶剂条件（称为Flory好溶剂）。因此，天然条件下的蛋白质类似于不良溶剂中的折叠聚合物，而强变性剂中的蛋白质则类似于良好溶剂中的膨胀聚合物。方框3.1总结了这些缩放关系。

我们现在可以解释蛋白质在拥挤条件下或有限空间中是如何发生变化的。当蛋白质被包含在一个固定的空间内，例如在伴侣或核糖体腔内时，蛋白质会受到限制。当一个蛋白质与其他惰性分子（如多糖或有时是其他蛋白质）一起出现在溶液中时，它是拥挤的，而这限制了它可用的体积。蛋白质在正常的细胞环境中是拥挤的，近25%的体积被其他蛋白质分子占据。但是这种限制或者拥挤的环境反而会增加蛋白质折叠的稳定性。

我们试着想象一个在惰性环境下的蛋白质，这个环境只有空间约束并且与蛋白质没有其他力的关系。空间的约束会导致蛋白质的非天然状态构象会被限制。当蛋白质不受到空间限制的时候，有些非天然构象会具有很大的展开形态。也就是说空间的约束会降低非天然蛋白质的链的构象熵，增加非天然链的自由能。因此，约束链可以有效地使折叠态更加稳定（图3.20）。因此，约束也会增加了蛋白质的变性温度（图3.21）

图3.20 A在紧密空间中的蛋白质具有更大的折叠稳定性，因为其变性态的构象较少，因此构象熵较小。

图3.21拥挤可稳定溶菌酶。由圆二色性测定的鸡蛋清溶菌酶的热变性温度Tm随着惰性拥挤剂葡聚糖的浓度的增加而增加。这条线表示Tm对右旋糖酐排除的体积的平方律依赖，与展开状态熵的减小一致。

总结

蛋白质折叠成紧凑的自然状态，因为氨基酸之间的吸引力（从疏水和范德瓦尔斯相互作用、相反电荷相互作用和氢键）的大小大于有利于开放变性状态的链构象熵。一个特定的序列折叠成一个特定的3D结构的原因可以用一个二进制疏水(H)和极性(P)代码来理解。HP模型是一个格模型，它捕获折叠过程的基本特征和序列代码的基本特征。一个双态热力学模型解释了折叠自由能、焓和熵如何依赖于链长、温度和变性剂。变性态具有更高的能量（更少的接触）和更高的熵。变性构象的系综并不是完全一样的。改变溶液条件可以扩展或收缩变性状态。缩放的能力取决于蛋白质的状态：自然状态为N1/3，变性状态为N3/5。在惰性容器中封闭一个蛋白质分子可以稳定它。当蛋白质处于酸性或碱性溶液中时，其可滴定的侧链可以带电，如果蛋白质上的净正电荷或负电荷足够高，蛋白质就会因为类似电荷的排斥而变性。

第三章完

-------------------------------------------

欢迎点赞收藏转发！

下次见！
 

来自DrugPython分享