安装openslide和clam的小记录

最近花了大量的时间用在配环境上面，本人也算小白吧，算是第一次用远程服务器ubuntu。刚开始也是像ubuntu18安装python接口的openslide过程和错误整理一样，报了很多错误，之后重新装了一遍成功了。

对于openslide：

首先需要安装openslide-tools，apt是系统程序

sudo apt-get install openslide-tools

然后在python环境里面装package

pip install openslide-python

第一步的时候要注意自己的权限要够。这时 import openslide试一下，不行的话再尝试

sudo apt-get install python-openslide
sudo apt-get install python3-openslide

然后安装clam

我遇到了pip failed 错误

解决办法：把clam.yaml的pip里面的内容，复制到一个requirement.txt文件，然后在clam环境下pip批量安装包。

注：当我查看issue的时候发现了作者提供的requirement.txt文件，可以尝试直接创建新环境然后从这个文件pipIssue creating env from yaml file

之后再根据报错解决不兼容的包即可。

之后我发现pytorch的cuda版本不是服务器上的版本，于是重新装pytorch。

conda install pytorch==1.12.0 torchvision==0.13.0 torchaudio==0.12.0 cudatoolkit=11.3 -c pytorch

报错：

于是又各种查找解决办法，最终发现用pip可以正确安装。

pip install torch==1.12.0+cu113 torchvision==0.13.0+cu113 torchaudio==0.12.0 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu113

参考：

跑通CLAM

心得：安装小众的包遇到问题连个参考都很少。 当遇到接连报错的时候，尝试解决报错三四次仍然报各种错的时候，可以考虑是不是前面的步骤有问题，可以尝试重新开始装一遍。

更新：ubuntu安装好之后我又想趁势装好windows的，我从clam的github的某个issue里拿到了作者的requirement.txt文件，然后用pip批量安装，报错的话可以在requirement文件中删除对应的错误文件，之后再pip安装。 注意cuda和pytorch的版本。tensorflow可以先不装，之后报错的话再装。

openslide 导入的时候报错了，

解决办法:

修改openslide/lowlevel.py

if platform.system() == 'Windows':
    _lib = cdll.LoadLibrary('libopenslide-0.dll')
改为：#把bin里面libopenslide-0.dll文件的路径填进括号

if platform.system() == 'Windows':
    _lib = cdll.LoadLibrary("D:\\openslide-win64-20221217\\bin\\libopenslide-0.dll")

参考FileNotFoundError: Could not find module ‘libopenslide-0.dll‘ (or one of its dependencies).

另一种办法是每次import openslide时候加上

import os
os.add_dll_directory('D:\\openslide-win64-20221217\\bin')

参考：openslide安装报错解决

当然，肯定用第一种方法咯，完美解决！