【病理数据处理-histolab】使用histolab模块将WSI剪切成多个patch

使用histolab模块将WSI剪切成多个patch

histolab模块一共提供了三种提取patch的方式：

1. Random Extraction
2. Grid Extraction
3. Score-based extraction

本文仅提供基于评分的提取方式：

import os
from histolab.slide import Slide
from histolab.tiler import ScoreTiler
from histolab.scorer import NucleiScorer


BASE_PATH = os.getcwd()

WSI_PATH = os.path.join(BASE_PATH, 'WSIs', 'TCGA-49-AAR4-01A.svs')
PATCH_PATH = os.path.join(BASE_PATH, 'patches')

wsi_slide = Slide(WSI_PATH, processed_path=PATCH_PATH)

scored_tiles_extractor = ScoreTiler(
    scorer = NucleiScorer(),
    tile_size=(256, 256),
    n_tiles=15,
    level=0,
    check_tissue=True,
    tissue_percent=80.0,
    pixel_overlap=0, # default
    prefix="/hy-tmp/patches/", # save tiles in the "scored" subdirectory of slide's processed_path
    suffix=".png" # default
)

scored_tiles_extractor.locate_tiles(slide = wsi_slide)

summary_filename = "TCGA-49-AAR4-01A-tiles.csv"
SUMMARY_PATH = os.path.join(wsi_slide.processed_path, summary_filename)

scored_tiles_extractor.extract(wsi_slide, report_path=SUMMARY_PATH)

scored_tiles_extractor ： 定义了提取器的参数。
tile_size ： 每个patch的大小
n_tiles ： 提取的patch个数
prefix ： patch的输出路径(精确到png文件的上一级目录)

用scored_tiles_extractor.extract进行patch提取。

wsi_slide ：是WSI_PATH(精确到svs文件名)路径下的Slide对象。且wsi_slide的processed_path属性值是svs文件的上一级路径。

report_path ： 对应SUMMARY_PATH，是报告文件csv的路径。

其中report(csv文件)内容如下：

参考

https://pypi.org/project/histolab/