【QuPath】人工标注WSI

1. 在QuPath软件中打开WSI

2. ROI圈画工具选择

如下图所示，QuPath提供了矩形框、圆形框、线条、多边形框等圈画工具。建议使用多边形框进行圈画。

3. ROI圈画

用封闭的多边形工具将全视野数字病理图像中的肿瘤区域进行圈画，效果如下图：

切记，首尾相接。 要不然，生成的坐标文件中坐标首尾不相接，后续代码处理会很麻烦。

4. 导出注释文件

选择 File → Export objects as GeoJSON 导出并保存注释文件。

5. 注释文件解读

注释文件是Json格式的，文件中保存了肿瘤区域的坐标，如下图所示，"coordinates"中列表的每一项即标注的肿瘤区域多边形的各个节点的坐标，后续根据坐标可以进行区域掩码绘制等操作。