Linux非root用户安装lammps

已于 2024-05-27 14:29:08 修改
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文章标签： linux 服务器 笔记 学习
于 2023-11-03 10:21:55 首次发布
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#安装lammps-7Aug19（版本：2019-08-07）

为了方便，我创建了一个文件夹/home/hsiung/software/lammps，所有的文件下载和安装都在这个文件夹里

cat /etc/redhat-release

使用cat命令查看版本：CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)

1、openmpi下载安装（mpich也可以，具体可见下面lammps-10Aug15安装流程）
   
   openmpi官网 https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.1/

   这里我下载的是openmpi-4.1.1.tar.gz，并上传到文件夹中

#解压缩
   tar -zxvf openmpi-4.1.1.tar.gz   


#建文件夹用来作为openmpi的安装位置

   mkdir openmpi411
   
   cd openmpi-4.1.1
   
   ./configure --prefix=/home/hsiung/software/lammps/openmpi411

​   make

   make install

#如果没报错就基本安装成功了，之后就是添加环境变量

   vim ~/.bashrc

   export PATH=/home/hsiung/software/lammps/openmpi411/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/home/hsiung/software/lammps/openmpi411/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

   source ~/.bashrc

2、fftw下载安装
   
   fftw官网 https://www.fftw.org/download.html

   这里我下载的是fftw-3.3.10.tar.gz，并上传到文件夹中

#解压缩
   tar -zxvf fftw-3.3.10.tar.gz 


#建文件夹用来作为fftw3310的安装位置

   mkdir fftw3310
   
   cd fftw-3.3.10
   
   ./configure --prefix=/home/hsiung/software/lammps/fftw3310

​   make

   make install

#如果没报错就基本安装成功了，之后就是添加环境变量

   vim ~/.bashrc

   export PATH=/home/hsiung/software/lammps/fftw3310/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/home/hsiung/software/lammps/fftw3310/lib:$LD_LIBRARY_PATH

   source ~/.bashrc

3、lammps软件包下载

   lammps官网 https://download.lammps.org/tars/index.html

    下载lammps-7Aug2019.tar.gz安装包并上传到文件夹中

#解压缩
   tar -zxvf lammps-7Aug2019.tar.gz
   
   cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-7Aug19/src/MAKE

   #修改Makefile.mpi文件

   # MPI library
   # see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual
   # MPI wrapper compiler/linker can provide this info
   # can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial
   # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts
   # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
   # PATH = path for MPI library
   # LIB = name of MPI library

   MPI_INC =       -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/hsiun/software/lammps/openmpi411/include
   MPI_PATH = -L/home/hsiung/software/lammps/openmpi411/lib
   MPI_LIB =    -lmpi

   # FFT library
   # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual
   # can be left blank to use provided KISS FFT library
   # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings
   # PATH = path for FFT library
   # LIB = name of FFT library

   FFT_INC =    -DFFT_FFTW3 -I/home/hsiung/software/lammps/fftw3310/include
   FFT_PATH =  -L/home/hsiung/software/lammps/fftw3310/lib
   FFT_LIB =    -lfftw3

#然后进入src目录：
   cd ..
   make yes-all
   make no-lib
   make mpi

 报错解决

#此处如果没有报错，会生成一个lmp_mpi文件
     ls -ali lmp_mpi
     697286107 -rwxrwxr-x. 1 hsiung hsiung 104631768 Nov  2 08:45 lmp_mpi
#此处如果报错
     make[1]: *** [Makefile:89: ../lmp_mpi] Error 1
     make[1]: Leaving directory '/home/hsiung/software/lammps/lammps-7Aug19/src/Obj_mpi'
     make: *** [Makefile:212: mpi] Error 2
   #清除旧的编译文件
       make clean-all
   #检查一下Makefile.mpi文件是否有修改不当的地方
       make mpi
#添加环境变量
   vim ~/.bashrc

   export PATH=/home/hsiung/software/lammps/lammps-7Aug19/src:$PATH

   source ~/.bashrc

#测试
     cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-7Aug19/examples
  #例如进入melt
     cd /home/hsiung/software/lammps33/lammps-7Aug19/examples/melt
     mpirun -np 1 lmp_mpi < in.melt

 #文件删除（因为磁盘容量有限，可根据自身需要将tar.gz和解压缩的文件删除）

rm-rf  lammps-7Aug2019.tar.gz lammps-7Aug2019 fftw-3.3.10.tar.gz fftw-3.3.10  openmpi-4.1.1.tar.gz  openmpi-4.1.1

#安装lammps-10Aug15（版本：2015-08-10）

%%%因为要用到别人开发的包，发现19版装完一直报错，就看了下作者开发的包的日期，所以就尝试安装了对应日期版本的lammps

1、mpich下载安装（此处没用openmpi是因为lammps-10Aug15手册（解压的包里就有/doc/Manual.pdf）中有提到可能不兼容，所以选择安装mpich）
   
   mpich官网 https://www.mpich.org/static/downloads/

   这里我下载的是mpich-3.2.1.tar.gz，并上传到文件夹中  

 #解压缩
    tar -zxvf mpich-3.2.1.tar.gz   


 #建文件夹用来作为mpich的安装位置

    mkdir mpich321
   
    cd mpich-3.2.1
   
    ./configure --prefix=/home/hsiung/software/lammps/mpich321

​    make

    make install

   #如果没报错就基本安装成功了，之后就是添加环境变量

   vim ~/.bashrc

   export MPI=/home/hsiung/software/lammps/mpich321
   export PATH=$MPI/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
   export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man
   export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man
   export INCLUDE=$MPI/include:$INCLUDE

   source ~/.bashrc

2、fftw下载安装（具体可见上面lammps-7Aug19安装流程）
   

3、lammps软件包下载

  （具体可见上面lammps-7Aug19安装流程）

   #修改Makefile.mpi文件

   # LAMMPS ifdef settings
   # see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manual

   LMP_INC =    -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64  ###老版本这里不全，编译时可能会出现'Please set -DLAMMPS_MEMALIGN=64 in CCFLAGS for your LAMMPS makefile'

   # MPI library
   # see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual
   # MPI wrapper compiler/linker can provide this info
   # can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial
   # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts
   # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
   # PATH = path for MPI library
   # LIB = name of MPI library

   MPI_INC =       -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/hsiung/software/lammps/mpich321/include
   MPI_PATH = -L/home/hsiung/software/lammps/mpich321/include
   MPI_LIB =    -lmpi

   # FFT library
   # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual
   # can be left blank to use provided KISS FFT library
   # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings
   # PATH = path for FFT library
   # LIB = name of FFT library

   FFT_INC =    -DFFT_FFTW3 -I/home/hsiung/software/lammps/fftw3310/include
   FFT_PATH =  -L/home/hsiung/software/lammps/fftw3310/lib
   FFT_LIB =    -lfftw3

   #然后进入src目录：

cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/src
 
make yes-ASPHERE yes-BODY yes-CLASS2 yes-COLLOID  yes-COMPRESS yes-CORESHELL yes-DIPOLE yes-GRANULAR yes-  KSPACE yes-MANYBODY yes-MC  yes-MISC yes-MOLECULE yes-MPIIO yes-OPT yes-PERI yes-QEQ  yes-REPLICA yes-RIGID yes-SHOCK yes-SNAP yes-SPIN yes-SRD

 #编译poems库

cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/lib/poems
rm *.o
make -f Makefile.g++
cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/src
make yes-poems

#编译mean库

cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/lib/mean
rm *.o
make -f Makefile.gfortran
cp Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps
cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/src
make yes-meam

#编译reax库

cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/lib/reax
rm *.o
make -f Makefile.gfortran
cp Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps
cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/src
make yes-reax

#编译user库

cd /home/hsiung/software/lammps/lammps-10Aug15/src
 
make  yes-USER-BOCS yes-USER-CGDNA yes-USER-CGSDK  yes-USER-DIFFRACTION yes-USER-DPD yes-USER-DRUDE yes-USER-EFF yes-USER-FEP yes-USER-INTEL yes-USER-LB yes-USER-MANIFOLD yes-USER-MEAMC yes-USER-MESO yes-USER-MGPT yes-USER-MISC yes-USER-MOFFF yes-USER-MOLFILE yes-USER-OMP yes-USER-PHONON yes-USER-PTM  yes-USER-QTB yes-USER-REAXC yes-USER-SMTBQ yes-USER-SDPD yes-USER-SPH yes-USER-TALLY yes-USER-UEF

make mpi

#之后的步骤参考lammps-7Aug19安装流程

学习笔记（如有侵权，联系必删）

参考资料

http://t.csdnimg.cn/rw5TE

http://t.csdnimg.cn/kUs5C

lammps安装有人会嘛？可以教我嘛？ - yellow fish的回答 - 知乎
https://www.zhihu.com/question/378572817/answer/2847696158

lammps安装有人会嘛？可以教我嘛？ - 艮泰科技的回答 - 知乎
https://www.zhihu.com/question/378572817/answer/2278958243

Black Hsiung
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