非root安装lammps-gpu版本（NVIDIA）

#################################################################
写在前面的话，需要会一些基本的linux指令
仅供参考https://www.quanxiaoha.com/linux-command/linux-shutdown.html
下面改一些文件需要会vim指令
仅供参考https://www.bilibili.com/video/BV1hy4y1z7tA/?spm_id_from=333.999.0.0&vd_source=c0e81733aa62a85725522f0de27627e4
#################################################################

一、加载intel编译器的环境

1、在bashrc里加入（一劳永逸）

if [ "$SSH_TTY" ]
then
   source /opt/intel/oneapi/setvars.sh 
fi

2、命令行（每次打开新的ssh/终端都得输入一次）

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

注：上述两种方式都可，正常显示

二、检查cuda-driver和cuda-toolkit环境

1、检查cuda-driver

nvidia-smi

正常显示如下（此处需要看一下显卡型号，后面步骤需要用到）

非正常显示

bash: nvidia-smi: command not found...

注：这是driver未安装或未正确安装，此时联系管理员（driver安装需root权限）

2、检查cuda-toolkit

bashrc加入或者命令行输入

export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

检查路径是否正确，输入

nvcc -V

正确显示

非正常显示

bash: nvcc: command not found...

注：这是cuda-toolkit未安装或未正确安装，此时联系管理员（toolkit安装需root权限）

三、lammps-gpu安装

1、确保nvidia-smi和nvcc -V均正常

2、下载lammps

https://download.lammps.org/tars/index.html（建议年份比较新的版本）

3、解压（这里以lammps-23Jun2022.tar.gz为例）

tar -zxvf lammps-23Jun2022.tar.gz

4、编译lammps的gpu库

（1）cd lammps-23Jun2022/lib/gpu
（2）修改Makefile.linux主要两个地方

    /usr/local/cuda替换成你的cuda-toolkit位置
    arch=sm_75数字替换成你的显卡的算力值（75=7.5*10）

    算力查询地址：https://developer.nvidia.com/cuda-gpus
（3）make -f Makefile.linux（重新编译需要先make -f Makefile.linux clean）
    编译成功显示

5、修改lammps的编译文件

cd lammps-23Jun2022/src/MAKE
vim Makefile.mpi

    -L/usr/local/cuda/lib64替换成你自己的位置

6、编译安装lammps

cd lammps-23Jun2022/src

安装必要的库，例如：make yes-gpu代表安装；make no-gpu代表卸载（库根据自己需要的任务自行安装）
注：可以使用make package-status检查自己安装的库（YES代表安装，NO代表未安装）

make mpi（重新编译需要make clean-all）
注：前一步中安装的库越多，make mpi时间越长，可以采用make mpi -j 4（4核同时编译，数字可改）

7、ll lmp_mpi正常显示

 

四、测试

cd lammps-23Jun2022/examples/shear

修改in.shear里的run的步数；随便改10000

###  纯cpu指令
mpirun -np 1 ../../src/lmp_mpi -in in.shear
###  加gpu指令
mpirun -np 1 ../../src/lmp_mpi -in in.shear -sf gpu -pk gpu 1

对比运行的时间

注：提交任务的指令有很多，建议到lammps官网（https://www.lammps.org/）或者手册查找（lammps-23Jun2022/doc/Manual.pdf）

学习笔记（如有侵权，联系必删）

五、参考文本

1、Linux编译LAMMPS-GPU - 知乎 (zhihu.com)

2、Ubuntu下的lammps GPU加速（真的香）-CSDN博客